小班夫

doi：10.18129/b9.bioc.bambu

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅小班夫。

长读RNA-seq数据的参考引导的同工型重建和定量

生物导体版本：3.12

BAMBU是使用长读RNA-seq数据的多样本转录本发现和定量的R软件包。您可以在阅读对准后使用BAMBU来获得已知和新的转录本和基因的表达估计值。BAMBU的输出可直接用于可视化和下游分析，例如差异基因表达或转录本使用情况。

作者：Ying Chen [Cre，Aut]，Yuk Kei Wan [AUT]，Jonathan Goeke [aut]

维护者：ying chen

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ bambu”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Bambu”）

html	R脚本	小班夫
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	结盟，，，，覆盖范围，，，，差异性，，，，特征提取，，，，基因表达，，，，基因数，，，，基因组组件，，，，免疫学，，，，多重组合，，，，正常化，，，，rnaseq，，，，回归，，，，测序，，，，软件，，，，转录，，，，转录组学
版本	1.0.3
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（0.5岁）
执照	GPL-3 +文件执照
要看	r（> = 4.0.0），总结性特征（> = 1.1.6），S4VECTORS（> = 0.22.1），iranges
进口	生物基因，，，，生物比较，，，，Data.Table，，，，dplyr，，，，GenomeInfodB，，，，基因组签名，，，，GenomicFeatures，，，，基因组机，统计Glmnet，，，，rsamtools， 方法，RCPP
链接	RCPP，，，，rcpparmadillo
建议	AnnotationDbi，，，，生物弦，，，，Biocfilecache，，，，GGPLOT2，，，，复杂的图像，，，，循环，，，，GGBIO，，，，栅格，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，bsgenome.hsapiens.ncbi.grch38，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，实验室（> = 1.15.3），deseq2，，，，纳米果仁糖，，，，BSGENOME，，，，apeglm，utils，dexseq
系统要求
增强	平行
URL	https://github.com/goekelab/bambu
取决于我
进口我
建议我	纳米果仁糖
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	bambu_1.0.3.tar.gz
Windows二进制	bambu_1.0.3.zip（32-和64位）
MacOS 10.13（高山脉）	bambu_1.0.3.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bambu
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/bambu
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/bambu/
软件包下载报告	下载统计