beadarray

DOI:10.18129 / B9.bioc.beadarray

该软件包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见beadarray。

Illumina BeadArray数据的质量评估和低级分析

Bioconductor版本:3.12

该软件包能够读取由BeadScan输出的头部级数据(原始tiff和文本文件)以及来自BeadStudio的头部汇总数据。提供了质量评价和低层次分析的方法。

作者:马克·邓宁，迈克·史密斯，乔纳森·凯恩斯，安迪·林奇，马特·里奇

维护者:马克·邓宁

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("beadarray")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“beadarray”)

PDF	R脚本	beadarray.pdf
PDF	R脚本	beadlevel.pdf
PDF	R脚本	beadsummary.pdf
PDF	R脚本	ImageProcessing.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	微阵列，OneChannel，预处理，质量控制，软件
版本	2.40.0
在Bioconductor中	BioC 1.8 (R-2.3)(15年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 2.13.0)，BiocGenerics(> = 0.3.2),Biobase(> = 2.17.8),hexbin
进口	BeadDataPackR，limma，AnnotationDbistats4,reshape2，GenomicRanges，IRanges，illuminaio、方法、ggplot2
链接
建议	光民，vsn，affy，hwriter，beadarrayExampleData，illuminaHumanv3.db，gridExtra，BiocStyle，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，ggbio，喷嘴。R1，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我	beadarrayExampleData
进口我	arrayQualityMetrics，BeadArrayUseCases，blima，epigenomix
建议我	beadarraySNP，blimaTestingData，光民
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	beadarray_2.40.0.tar.gz
Windows二进制	beadarray_2.40.0.zip(32- & 64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	beadarray_2.40.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/beadarray
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/beadarray
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/beadarray/
软件包下载报告	下载数据