Biomart

doi:10.18129/b9.bioc.biomart

该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅Biomart

BiomArt数据库的接口(即Ensembl)

生物导体版本:3.12

近年来,公共数据存储库已获得大量生物学数据。对于全面的生物信息学数据分析,需要轻松访问这些有价值的数据资源和与数据分析的公司集成。BIOMART提供了越来越多的数据库集合的接口,该数据库实施了Biomart软件套件( )。该软件包可以以统一的方式检索大量数据,而无需了解基础数据库模式或编写复杂的SQL查询。BiomArt数据库中最突出的示例是通过Ensembl维护的,Ensembl可以直接访问一组数据集,并启用从基因注释到数据库挖掘的广泛强大的在线查询。

作者:Steffen Durinck [Aut],Wolfgang Huber [AUT],Sean Davis [CTB],Francois Pepin [CTB],Vince S Buffalo [CTB],Mike Smith [CTB,CRE]

维护者:迈克·史密斯(Mike Smith)

引用(从r内,输入引用(“ Biomart”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ biomart”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Biomart”)

html R脚本 使用BiomArt访问Enembl注释
html R脚本 BIOMART用户指南
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 注解,,,,软件
版本 2.46.3
在生物导体中 Bioc 1.6(R-2.1)或更早(> 16年)
执照 艺术2.0
要看 方法
进口 utils,XML,,,,AnnotationDbi,,,,进步,,,,Stringr,,,,httr,,,,Openssl,,,,Biocfilecache,,,,Rappdirs,,,,XML2
链接
建议 注释,,,,生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,测试,,,,嘲弄
系统要求
增强
URL
取决于我 注解,,,,布拉替伯,,,,Chromplot,,,,彗星,,,,CustomProdb,,,,drugvsdisease,,,,Genefu,,,,Genomicozone,,,,米尼卡,,,,ppinfer,,,,诗篇,,,,repviz,,,,Roleswitch,,,,寿司,,,,vegamc
进口我 arrayexpresshts,,,,Artms,,,,Aspediafi,,,,不良区域,,,,BGEECALL,,,,分支机构,,,,Busparse,,,,Chippeakanno,,,,计时,,,,CTRAP,,,,达格洛戈,,,,dexseq,,,,diffloop,,,,多米诺骨牌效应,,,,EasyRnaseq,,,,EDASEQ,,,,埃尔默,,,,弗雷泽,,,,gdcrnatools,,,,Geneaccord,,,,GenomicFeatures,,,,Genvisr,,,,gesper,,,,Glmsparsenet,,,,goexpress,,,,gostag,,,,GPART,,,,GVIZ,,,,isobar,,,,keggprofile,,,,MCSEA,,,,Medips,,,,代谢信号,,,,metaseqr,,,,metaseqr2,,,,甲基分析,,,,mgfr,,,,MouseFM,,,,诺斯,,,,oncoscore,,,,负鼠,,,,PCAEXPLORER,,,,PGA,,,,,,,,Precisiontrialldrawer,,,,proloc,,,,Proteomm,,,,psygenet2r,,,,杂种,,,,R453plus1toolbox,,,,拉姆瓦斯,,,,补偿,,,,RGSEPD,,,,ripat,,,,rnaither,,,,rnaseqsamples,,,,scpipe,,,,seq2pathway,,,,seqgsea,,,,碎片,,,,swath2stats,,,,tcgabiolinks,,,,tcgaworkflow,,,,tfea.chip,,,,Timirgen,,,,转录图,,,,特雷娜,,,,Viseago,,,,XCIR,,,,
建议我 注释,,,,生物萨尔,,,,生物探测,,,,BloodCancermultiomics2017,,,,CCTORIAL,,,,塞尔达,,,,Celltree,,,,Chromstar,,,,clusterudge,,,,ctggem,,,,小伙子,,,,Geneanswers,,,,H5VC,,,,Leebamviews,,,,,,,,Mageckflute,,,,马提尼,,,,Massir,,,,甲基,,,,米尼卡,,,,幻影,,,,突变模式,,,,NetSmooth,,,,奥利戈,,,,有机体,,,,钢琴,,,,皮革,,,,后代,,,,PubScore,,,,R3CPET,,,,rcade,,,,regparallel,,,,rforpoteomics,,,,rnbeads,,,,rtandem,,,,rtrm,,,,评分,,,,Shortread,,,,SIM,,,,辛克尔,,,,总结,,,,Systempiper,,,,TrackViewer,,,,WigglePlotr,,,,Zinbwave
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 biomart_2.46.3.tar.gz
Windows二进制 biomart_2.46.3.zip
MacOS 10.13(高山脉) biomart_2.46.3.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biomart
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/biomart
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/biomart/
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