biovizBase

DOI:10.18129 / B9.bioc.biovizBase

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见biovizBase

用于基因组数据可视化的基本图形实用程序。

Bioconductor版本:3.12

biovizBase包旨在为基因组数据提供一组实用程序、配色方案和约定。它是生物数据可视化的各种高级包的基础。这节省了开发工作并鼓励一致性。

作者:尹腾飞[aut],迈克尔·劳伦斯[aut, ths, cre],黛安·库克[aut, ths],约翰内斯·雷纳[ctb]

维护者:Michael Lawrence < Lawrence。Michael在gene.com>上

引用(从R中,输入引用(“biovizBase”)):

安装

要安装此包,启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("biovizBase")

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文档

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browseVignettes(“biovizBase”)

PDF R脚本 biovizBase简介
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 基础设施预处理软件可视化
版本 1.38.0
在Bioconductor公司 BioC 2.9 (R-2.14)(9.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 3.5.0),方法
进口 grDevices,统计数据,尺度HmiscRColorBrewer二色视者BiocGenericsS4Vectors(> = 0.23.19),IRanges(> = 1.99.28),GenomeInfoDb(> = 1.5.14),GenomicRanges(> = 1.23.21),SummarizedExperimentBiostrings(> = 2.33.11),Rsamtools(> = 1.17.28),GenomicAlignments(> = 1.1.16),GenomicFeatures(> = 1.21.19),AnnotationDbiVariantAnnotation(> = 1.11.4),ensembldb(> = 1.99.13),AnnotationFilter(> = 0.99.8),rlang
链接
建议 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneBSgenomertracklayerEnsDb.Hsapiens.v75RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 咖啡馆qrqc
进口我 BubbleTreeChIPexoQualggbioGvizkaryoploteRPvizqrqcRqc
建议我 CINdexderfinderPlotR3CPETregionReportStructuralVariantAnnotationTxRegInfra
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包 biovizBase_1.38.0.tar.gz
Windows二进制 biovizBase_1.38.0.zip(32- & 64位)
macOS 10.13 (High Sierra) biovizBase_1.38.0.tgz
源库 git clone https://git.bioconductor.org/packages/biovizBase
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/biovizBase
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/biovizBase/
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