CTRAP

doi：10.18129/b9.bioc.ctrap

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅CTRAP。

鉴定来自差异基因表达数据的候选因果扰动

生物导体版本：3.12

比较差异基因表达与来自已知细胞扰动（例如敲低的基因敲低，过表达或小分子）的结果。这种分析不仅可以推断基因表达差异的分子原因，而且还可以鉴定出可以驱动或恢复特定转录组改变的小分子。

作者：Bernardo P. de Almeida [AUT]，Nuno Saraiva-Agostinho [AUT，CRE]，Nuno L. Barbosa-Morais [AUT，LED]

维护者：nuno saraiva-agostinho

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ ctrap”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ ctrap”）

html	R脚本	CTRAP：从差异基因表达数据中识别候选因果扰动
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	差异性，，，，基因表达，，，，基因烯，，，，免疫学，，，，途径，，，，rnaseq，，，，软件，，，，转录组学
版本	1.8.0
在生物导体中	Bioc 3.8（R-3.5）（2。5年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 3.6.0）
进口	Biomart，，，，binr，，，，牛仔图，，，，Data.Table，，，，dplyr，，，，DT，，，，fgsea，，，，GGPLOT2，，，，Ggrepel，图形，高电度，，，，httr，，，，林玛， 方法，pbapply，，，，r.utils，，，，readxl，，，，RESHAPE2，，，，RHDF5，，，，秤，，，，闪亮的，统计，工具，utils
链接
建议	测试，，，，尼特，，，，COVR，，，，rmarkDown，，，，拼写
系统要求
增强
URL	https://nuno-agostinho.github.io/ctraphttps://github.com/nuno-agostinho/ctrap
BugReports	https://github.com/nuno-agostinho/ctrap/issues
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构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	ctrap_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	ctrap_1.8.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	ctrap_1.8.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ctrap
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/ctrap
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/ctrap/
软件包下载报告	下载统计