categoryCompare

DOI:10.18129 / B9.bioc.categoryCompare

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见categoryCompare．

使用特征注释的高通量实验的元分析

Bioconductor版本:3.12

计算两个(或多个)特征(即基因)列表中的每个特征(即基因)列表中的显著注释(类别)，确定注释之间的重叠，并返回有关显著注释的图形和表格数据，以及发现哪些特征列表组合的注释是显著的。通过使用RCytoscape(强烈建议使用)可以促进交互式探索。

作者:Robert M. Flight

维护人员:Robert M. Flight

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("categoryCompare")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“categoryCompare”)

超文本标记语言	R脚本	categoryCompare:使用基因注释的高通量数据元分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，去，GeneExpression，MultipleComparison，通路，软件
版本	1.34.0
在Bioconductor公司	BioC 2.10 (R-2.15)(9年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 2.10)，Biobase，BiocGenerics(> = 0.13.8)
进口	AnnotationDbi，hwriter，GSEABase，类别(> = 2.33.1),GOstats，注释，色彩，图，RCy3(>= 1.99.29)，方法，grDevices, utils
链接
建议	knitr，GO.db，KEGG.db，雌激素，org.Hs.eg.db，hgu95av2.db，limma，affy，genefilter
SystemRequirements	细胞图(>= 3.6.1)(如果用于结果的可视化，强烈建议)
增强了
URL	https://github.com/rmflight/categoryCompare
BugReports	https://github.com/rmflight/categoryCompare/issues
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	categoryCompare_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	categoryCompare_1.34.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	categoryCompare_1.34.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/categoryCompare
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/categoryCompare
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/categoryCompare/
软件包下载报告	下载数据