chromswitch

DOI:10.18129 / B9.bioc.chromswitch

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见chromswitch．

从表观基因组数据中检测染色质状态开关的R包

Bioconductor版本:3.12

Chromswitch实现了一种灵活的方法，在特定基因组区域的两种生物条件下检测样本之间的染色质状态开关，给定峰值或ChIP-seq数据中的染色质状态调用。

作者:Selin Jessa [aut, cre]， Claudia L. Kleinman [aut]

维护者:Selin Jessa

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("chromswitch")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“chromswitch”)

超文本标记语言	R脚本	介绍用于检测染色质状态开关的' chromswitch '
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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，DifferentialPeakCalling，表观遗传学，FunctionalGenomics，GeneExpression，HistoneModification，ImmunoOncology，MultipleComparison，软件，转录
版本	1.12.0
在Bioconductor公司	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.5.0)，GenomicRanges(> = 1.26.4)
进口	集群(> = 2.0.6),Biobase(> = 2.36.2),BiocParallel(> = 1.8.2),dplyr(> = 0.5.0),gplots(>= 3.0.1)，图形，grDevices，IRanges(> = 2.4.8),lazyeval(> = 0.2.0),matrixStats(> = 0.52),magrittr(>= 1.5)，方法，NMF(> = 0.20.6),rtracklayer(> = 1.36.4),S4Vectors(>= 0.23.19)，tidyr(> = 0.6.3)
链接
建议	BiocStyle，DescTools(> = 0.99.19),devtools(> = 1.13.3),GenomeInfoDb(> = 1.16.0),knitr，rmarkdown，mclust(> = 5.3),testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/sjessa/chromswitch
BugReports	https://github.com/sjessa/chromswitch/issues
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	chromswitch_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	chromswitch_1.12.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	chromswitch_1.12.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromswitch
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/chromswitch
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/chromswitch/
软件包下载报告	下载数据