此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见clusterProfiler.
Bioconductor版本:3.12
这个包实现了分析和可视化基因和基因簇的功能图谱(GO和KEGG)的方法。
作者:余光创[aut, cre, cph], Li-Gen Wang [ctb], Giovanni Dall'Olio [ctb] (compareCluster的公式界面)
维护人员:Guangchuang Yu
引用(从R中,输入引用(“clusterProfiler”)
):
要安装此包,启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("clusterProfiler")
对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:
browseVignettes(“clusterProfiler”)
超文本标记语言 | R脚本 | 基因和基因簇功能图谱的统计分析和可视化 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 注释,聚类,去,GeneSetEnrichment,KEGG,MultipleComparison,通路,Reactome,软件,可视化 |
版本 | 3.18.1 |
在Bioconductor公司 | BioC 2.8 (R-2.13)(10年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 3.4.0) |
进口 | AnnotationDbi,下载器,剂量(> = 3.13.1),dplyr,enrichplot1.9.3 (> =)GO.db,GOSemSim,magrittr、方法、plyr,qvalue,rlang,rvcheck统计数据,tidyr,跑龙套 |
链接 | |
建议 | AnnotationHub,knitr,org.Hs.eg.db,prettydoc,ReactomePA,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/ |
BugReports | https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues |
全靠我 | maEndToEnd |
进口我 | bioCancer,CEMiTool,CeTF,DAPAR,debrowser,eegc,enrichTF,esATAC,famat,fcoex,GDCRNATools,林肯,MAGeCKFlute,methylGSA,miRspongeR,MoonlightR,netboxr,recountWorkflow,RNASeqR,signatureSearch,TCGAbiolinksGUI,TCGAWorkflow,TimiRGeN |
建议我 | ChIPseeker,可乐,剂量,enrichplot,epihet,GeneTonic,GOSemSim,GSEAmining,MesKit,org.Mxanthus.db,paxtoolsr,ReactomePA,rrvgo,scGPS,simplifyEnrichment,TCGAbiolinks,tidybulk |
给我的链接 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。
源包 | clusterProfiler_3.18.1.tar.gz |
Windows二进制 | clusterProfiler_3.18.1.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | clusterProfiler_3.18.1.tgz |
源库 | git clone https://git.bioconductor.org/packages/clusterProfiler |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/clusterProfiler |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/clusterProfiler/ |
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