clusterProfiler

DOI:10.18129 / B9.bioc.clusterProfiler

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见clusterProfiler．

基因和基因簇功能图谱的统计分析和可视化

Bioconductor版本:3.12

这个包实现了分析和可视化基因和基因簇的功能图谱(GO和KEGG)的方法。

作者:余光创[aut, cre, cph]， Li-Gen Wang [ctb]， Giovanni Dall'Olio [ctb] (compareCluster的公式界面)

维护人员:Guangchuang Yu

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("clusterProfiler")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“clusterProfiler”)

超文本标记语言	R脚本	基因和基因簇功能图谱的统计分析和可视化
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，聚类，去，GeneSetEnrichment，KEGG，MultipleComparison，通路，Reactome，软件，可视化
版本	3.18.1
在Bioconductor公司	BioC 2.8 (R-2.13)(10年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.4.0)
进口	AnnotationDbi，下载器，剂量(> = 3.13.1),dplyr，enrichplot1.9.3 (> =)GO.db，GOSemSim，magrittr、方法、plyr，qvalue，rlang，rvcheck统计数据,tidyr,跑龙套
链接
建议	AnnotationHub，knitr，org.Hs.eg.db，prettydoc，ReactomePA，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues
全靠我	maEndToEnd
进口我	bioCancer，CEMiTool，CeTF，DAPAR，debrowser，eegc，enrichTF，esATAC，famat，fcoex，GDCRNATools，林肯，MAGeCKFlute，methylGSA，miRspongeR，MoonlightR，netboxr，recountWorkflow，RNASeqR，signatureSearch，TCGAbiolinksGUI，TCGAWorkflow，TimiRGeN
建议我	ChIPseeker，可乐，剂量，enrichplot，epihet，GeneTonic，GOSemSim，GSEAmining，MesKit，org.Mxanthus.db，paxtoolsr，ReactomePA，rrvgo，scGPS，simplifyEnrichment，TCGAbiolinks，tidybulk
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	clusterProfiler_3.18.1.tar.gz
Windows二进制	clusterProfiler_3.18.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	clusterProfiler_3.18.1.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/clusterProfiler
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/clusterProfiler
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/clusterProfiler/
软件包下载报告	下载数据