clusterProfiler

DOI:10.18129 / B9.bioc.clusterProfiler

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见clusterProfiler

基因和基因簇功能图谱的统计分析和可视化

Bioconductor版本:3.12

这个包实现了分析和可视化基因和基因簇的功能图谱(GO和KEGG)的方法。

作者:余光创[aut, cre, cph], Li-Gen Wang [ctb], Giovanni Dall'Olio [ctb] (compareCluster的公式界面)

维护人员:Guangchuang Yu

引用(从R中,输入引用(“clusterProfiler”)):

安装

要安装此包,启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("clusterProfiler")

对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“clusterProfiler”)

超文本标记语言 R脚本 基因和基因簇功能图谱的统计分析和可视化
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释聚类GeneSetEnrichmentKEGGMultipleComparison通路Reactome软件可视化
版本 3.18.1
在Bioconductor公司 BioC 2.8 (R-2.13)(10年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.4.0)
进口 AnnotationDbi下载器剂量(> = 3.13.1),dplyrenrichplot1.9.3 (> =)GO.dbGOSemSimmagrittr、方法、plyrqvaluerlangrvcheck统计数据,tidyr,跑龙套
链接
建议 AnnotationHubknitrorg.Hs.eg.dbprettydocReactomePAtestthat
SystemRequirements
增强了
URL https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/
BugReports https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues
全靠我 maEndToEnd
进口我 bioCancerCEMiToolCeTFDAPARdebrowsereegcenrichTFesATACfamatfcoexGDCRNATools林肯MAGeCKFlutemethylGSAmiRspongeRMoonlightRnetboxrrecountWorkflowRNASeqRsignatureSearchTCGAbiolinksGUITCGAWorkflowTimiRGeN
建议我 ChIPseeker可乐剂量enrichplotepihetGeneTonicGOSemSimGSEAminingMesKitorg.Mxanthus.dbpaxtoolsrReactomePArrvgoscGPSsimplifyEnrichmentTCGAbiolinkstidybulk
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包 clusterProfiler_3.18.1.tar.gz
Windows二进制 clusterProfiler_3.18.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) clusterProfiler_3.18.1.tgz
源库 git clone https://git.bioconductor.org/packages/clusterProfiler
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/clusterProfiler
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/clusterProfiler/
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