Dada2

doi：10.18129/b9.bioc.dada2

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅Dada2。

来自扩增子测序数据的准确，高分辨率样本推断

生物导体版本：3.12

DADA2封装从高通量扩增子测序数据中输入精确的扩增子序列变体（ASV），替换了更粗的和较少准确的OTU簇方法。DADA2管道将输入的FASTQ文件作为输入，并在删除替换和嵌合式错误后输出序列变体及其样本的丰度。分类学分类可以通过RDP天真的贝叶斯分类器的天然实现以及通过精确匹配到16S rRNA基因片段的物种级分配。

作者：本杰明·卡拉汉（Benjamin Callahan）

维护者：本杰明·卡拉汉（Benjamin Callahan）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ dada2”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ dada2”）

html	R脚本	Dada2简介
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	分类，，，，免疫学，，，，宏基因组学，，，，微生物组，，，，测序，，，，软件
版本	1.18.0
在生物导体中	Bioc 3.3（R-3.3）（5年）
执照	LGPL-3
要看	r（> = 3.4.0），RCPP（> = 0.12.0），方法（> = 3.4.0）
进口	生物弦（> = 2.42.1），GGPLOT2（> = 2.1.0），RESHAPE2（> = 1.4.1），Shortread（> = 1.32.0），rcppparallel（> = 4.3.0），并行（> = 3.2.0），iranges（> = 2.6.0），xvector（> = 0.16.0），生物基因（> = 0.22.0）
链接	RCPP，，，，rcppparallel
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求	gnu做
增强
URL	http://benjjneb.github.io/dada2/
BugReports	https://github.com/benjjneb/dada2/issues
取决于我
进口我	微生物
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	dada2_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	dada2_1.18.0.zip（32-和64位）
MacOS 10.13（高山脉）	dada2_1.18.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dada2
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/dada22
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/dada2/
软件包下载报告	下载统计