dasper

DOI:10.18129 / B9.bioc.dasper

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见dasper．

从rna测序数据中检测异常剪接事件

Bioconductor版本:3.12

dasper的目的是检测RNA-seq数据中的异常剪接事件。dasper将使用RNA-seq中的连接和覆盖率数据作为输入，计算患者中每个拼接事件与一组用户定义的控件的偏差。Dasper使用一种无监督的离群值检测算法对患者的每个拼接事件进行评分，用一个离群值评分代表该拼接事件看起来异常的程度。

作者:David Zhang [aut, cre]，莱昂纳多·科拉多-托雷斯[ctb]

维护者:David Zhang < David . Zhang。12在ucl.ac.uk >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("dasper")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“dasper”)

超文本标记语言	R脚本	介绍dasper
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文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，报道，RNASeq，测序，软件，转录组
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0)
进口	蛇怪，BiocFileCache，BiocParallel，data.table，dplyr，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，GenomicRanges，IRanges，magrittr，megadepth、方法、plyranges，readr，网状，S4Vectors，stringr，SummarizedExperiment，tidyr
链接
建议	BiocStyle，covr，testthat，GenomicState，ggplot2，ggpubr，ggrepel、网格knitcitations，knitr，重新计票，rmarkdown，sessioninfo，rtracklayer，宠物猫
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/dzhang32/dasper
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/dasper
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	dasper_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	dasper_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	dasper_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dasper
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ dasper
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/dasper/
包下载报告	下载数据