enrichplot

DOI:10.18129 / B9.bioc.enrichplot

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见enrichplot

功能富集结果的可视化

Bioconductor版本:3.12

“enrichment plot”包实现了几种可视化方法,用于解释从ORA或GSEA分析中获得的功能富集结果。所有的可视化方法都是基于“ggplot2”图形开发的。

作者:余光创[aut, cre],胡尔强[ctb]

维护人员:Guangchuang Yu

引用(从R中,输入引用(“enrichplot”)):

安装

要安装此包,启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“enrichplot”)

超文本标记语言 enrichplot
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释GeneSetEnrichmentKEGG通路软件可视化
版本 1.10.2
Bioconductor自 BioC 3.7 (R-3.5)(3年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 3.5.0)
进口 cowplot剂量ggplot2ggraph、图形、网格igraph、方法、plyrpurrrRColorBrewerreshape2,统计,跑龙套,scatterpieshadowtextGOSemSimmagrittr
链接
建议 clusterProfilerdplyreuropepmcggupsetknitrorg.Hs.eg.dbprettydoc宠物猫tidyrggforceAnnotationDbiggplotifyggridgesgrDevices,gridExtraggnewscaleggrepel
SystemRequirements
增强了
URL https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/
BugReports https://github.com/GuangchuangYu/enrichplot/issues
取决于我 maEndToEnd
进口我 ChIPseekerclusterProfilerdebrowserMAGeCKFlute网格ReactomePA
建议我 methylGSA
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包 enrichplot_1.10.2.tar.gz
Windows二进制 enrichplot_1.10.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra) enrichplot_1.10.2.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/enrichplot
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ enrichplot
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/enrichplot/
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