该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅Ensembldb。
生物导体版本:3.12
该软件包提供了创建和使用以转录本为中心的注释数据库/软件包的功能。数据库的注释使用其PERL API直接从Ensembl获取。该功能和数据类似于GenomicFeatures软件包中的TXDB软件包的功能和数据,但是除了检索所有基因/转录本模型和从数据库中的注释外,EnsemblDB还提供了一个过滤器框架,可允许检索针对诸如基因上的特定基因的注释,以便在编码的基因上进行注释。LincRNA基因的染色体区域或转录本模型。用EnsemblDB构建的ENSDB数据库还包含蛋白质及其编码转录本之间的蛋白质注释和映射。最后,EnsemblDB提供了在基因组,转录和蛋白质坐标之间绘制的函数。
作者:Johannes Rainer
维护者:约翰内斯·雷纳(Johannes Rainer) 引用(从r内,输入 要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入: 对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。 要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入: 跟随2021年欧洲杯比分预测
在R会话中使用此软件包的说明。引用(“ emembldb”)
):安装
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ emembldb”)
文档
browsevignettes(“ emembldb”)
html
R脚本
生成基于Enembl的注释软件包
html
R脚本
基因组,转录本和蛋白质坐标之间的映射
html
R脚本
查询蛋白质特征
html
R脚本
用于与Ensembldb协调映射的用例
html
R脚本
使用MariadB/MySQL Server后端
PDF
参考手册
文本
消息
细节
包装档案
源包
emembldb_2.14.1.tar.gz
Windows二进制
emembldb_2.14.1.zip
MacOS 10.13(高山脉)
emembldb_2.14.1.tgz
源存储库
git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ensembldb
源存储库(开发人员访问)
git clone git@git.bioconductor.org:packages/emembldb
包装短URL
//www.andersvercelli.com/packages/ensembldb/
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