flowTime

DOI:10.18129 / B9.bioc.flowTime

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见flowTime．

生物动力系统的流式细胞仪注释与分析

Bioconductor版本:3.12

该软件包有助于分析时间过程和稳态流式细胞仪实验。该包最初开发用于定量表达荧光报告蛋白的酵母(菌株W303)中基因调控网络的功能，使用BD Accuri C6和SORP细胞仪。然而，这些功能在很大程度上是通用的，并且可能适用于使用其他流式细胞仪分析其他生物体。此包中的函数促进了流式细胞术数据与实验元数据的注释，通常需要发表和一般的易于重用。还包括用于创建、保存和加载门集的函数。在过去，我们通常为每个时间点的每个流集生成汇总统计信息，然后注释并分析这些汇总统计信息。这种方法失去了来自流式细胞术中产生的大量单个细胞数据的大量功能，本质上是将这些数据分解为子集后的批量测量。除了这些摘要函数外，该包还包含了一些函数，用于利用从每个样本中数千个单个细胞收集的所有数据，方便注释和分析稳态或延时数据。

作者:R. Clay Wright [aut, cre]， Nick Bolten [aut]， Edith Pierre-Jerome [aut]

维护者:R. Clay Wright < Wright。克莱在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("flowTime")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“flowTime”)

超文本标记语言	R脚本	流式细胞术数据的稳态分析
超文本标记语言	R脚本	流式细胞术数据的时间过程分析
超文本标记语言	R脚本	酵母控制
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CellBasedAssays，DataImport，FlowCytometry，ImmunoOncology，软件，TimeCourse，可视化
版本	1.14.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.4)，flowCore
进口	跑龙套,dplyr(> = 1.0.0),宠物猫，magrittr，plyr，rlang
链接
建议	knitr，rmarkdown，flowViz，ggplot2，BiocGenerics统计数据,flowClust，openCyto，flowStats，ggcyto
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	flowTime_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	flowTime_1.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	flowTime_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/flowTime
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/flowTime
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/flowTime/
软件包下载报告	下载数据