genoset

DOI:10.18129 / B9.bioc.genoset

该软件包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见genoset。

一个用拷贝数分析方法进行的rangedsummarize实验

Bioconductor版本:3.12

GenoSet提供了rangedsummarizedexexperiment类的扩展，具有额外的API特性。这个类提供了方便和快速的方法来处理分段基因组数据。此外，GenoSet还提供了RleDataFrame类，它可以存储多个样本的基因组数据，并提供任意行集(基因组区域)的快速摘要。

作者:Peter M. Haverty

维护者:Peter M. Haverty

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("genoset")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“genoset”)

超文本标记语言	R脚本	genoset
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，DataRepresentation，基础设施，微阵列，单核苷酸多态性，软件
版本	1.45.1
在Bioconductor中	BioC 2.8 (R-2.13)(10年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.10)，BiocGenerics(> = 0.11.3),GenomicRanges(> = 1.17.19),SummarizedExperiment(> = 1.1.6)
进口	S4Vectors(> = 0.27.3),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),IRanges(>= 2.5.12)，方法，图形
链接
建议	testthat，knitr，BiocStyle，rmarkdown，DNAcopy统计数据,BSgenome，Biostrings
SystemRequirements
增强了	平行
URL	https://github.com/phaverty/genoset
这取决于我
进口我	methyAnalysis，VegaMC
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	genoset_1.45.1.tar.gz
Windows二进制	genoset_1.45.1.zip(32- & 64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	genoset_1.45.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genoset
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/genoset
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/genoset/
软件包下载报告	下载数据