此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见gwascat.
Bioconductor版本:3.12
在EMBL-EBI GWAS目录中表示和建模数据。
作者:VJ Carey
维护者:VJ Carey
引文(从R内,输入引用(“gwascat”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("gwascat")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“gwascat”)
超文本标记语言 | R脚本 | gwascat—EBI目录中GWAS命中的GRanges |
超文本标记语言 | R脚本 | gwascat:构造和查询NHGRI GWAS目录 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 遗传学,软件 |
版本 | 2.22.0 |
在Bioconductor | BioC 2.10 (R-2.15)(9年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R(>= 3.5.0),方法 |
进口 | S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges(> = 1.29.6),GenomicFeatures,readr,Biostrings,AnnotationDbi,BiocFileCache,snpStats,VariantAnnotation |
链接 | |
建议 | DO.db,DT,knitr,RBGL,testthat,Gviz,AnnotationHub,Rsamtools,IRanges,图,ggbio,DelayedArray,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,org.Hs.eg.db,BiocStyle |
SystemRequirements | |
增强了 | SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37 |
URL | |
全靠我 | liftOver,vtpnet |
进口我 | circRNAprofiler |
建议我 | GenomicScores,gQTLBase,gQTLstats,grasp2db,hmdbQuery,ldblock,parglms,TFutils |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
源包 | gwascat_2.22.0.tar.gz |
Windows二进制 | gwascat_2.22.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | gwascat_2.22.0.tgz |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gwascat |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/gwascat |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/gwascat/ |
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