蜂鸟

DOI:10.18129 / B9.bioc.hummingbird

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见蜂鸟．

用于检测差异甲基化区域的贝叶斯隐马尔科夫模型

Bioconductor版本:3.12

用于检测差异甲基化的包。它利用贝叶斯隐马尔可夫模型，融合了基因组位点之间的位置依赖性，不像大多数现有方法假设观察之间的独立性。贝叶斯先验被应用于整个染色体的信息共享，以提高检测能力。我们的软件包的直接输出是甲基化状态的最佳序列，消除了使用主观的，大多数时候是任意的p值阈值来确定显著性。最后，我们的方法不需要在两个对照组中进行复制。

作者:Eleni Adam [aut, cre]， Tieming Ji [aut]， Desh Ranjan [aut]

维护者:Eleni Adam

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("hummingbird")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“蜂鸟”)

超文本标记语言	R脚本	蜂鸟
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，BiomedicalInformatics，DNAMethylation，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，GeneExpression，HiddenMarkovModel，测序，软件
版本	1.0.3
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 4.0)
进口	Rcpp、图形、GenomicRanges，SummarizedExperiment，IRanges
链接	Rcpp
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	hummingbird_1.0.3.tar.gz
Windows二进制	hummingbird_1.0.3.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	hummingbird_1.0.3.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hummingbird
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/hummingbird
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/hummingbird/
软件包下载报告	下载数据