methylKit

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylKit

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见methylKit．

高通量亚硫酸氢盐测序结果的DNA甲基化分析

Bioconductor版本:3.12

methylKit是一个用于高通量亚硫酸氢盐测序的DNA甲基化分析和注释的R包。该软件包旨在处理RRBS及其变体的测序数据，但也包括目标捕获方法和全基因组亚硫酸氢盐测序。它还具有分析来自oxBS-Seq和TAB-Seq等实验协议的碱基对分辨率5hmC数据的功能。甲基化调用可以直接从俾斯麦对齐的BAM文件中执行。

作者:Altuna Akalin [aut, cre]， Matthias Kormaksson [aut]， Sheng Li [aut]， Arsene Wabo [ctb]， Adrian Bierling [aut]， Alexander Gosdschan [aut]

维护者:Altuna Akalin ， Alexander Gosdschan

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("methylKit")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“methylKit”)

超文本标记语言	R脚本	methylKit:用户指南v ' r packageVersion('methylKit') ' '
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文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，MethylSeq，测序，软件
版本	1.16.1
Bioconductor自	BioC 3.4 (R-3.3)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),GenomicRanges(> = 1.18.1)方法
进口	IRanges，data.table(> = 1.9.6),并行,S4Vectors(> = 0.13.13),GenomeInfoDb，KernSmooth，qvalue，emdbook，Rsamtools，gtools，fastseg，rtracklayer，mclust，mgcv，Rcpp，R.utils，limma， grDevices，图形，统计，utils
链接	Rcpp，Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc
建议	testthat(> =魅惑,knitr，rmarkdown，genomation，BiocManager
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	http://code.google.com/p/methylkit/
取决于我
进口我	MethCP，methInheritSim，methylInheritance
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	methylKit_1.16.1.tar.gz
Windows二进制	methylKit_1.16.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	methylKit_1.16.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylKit
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ methylKit
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/methylKit/
包下载报告	下载数据