methyvim

DOI:10.18129 / B9.bioc.methyvim

此包适用于Bioconductor的3.12版本。此包已从Bioconductor中删除。有关最新的稳定发布版本，请参见methyvimData．

靶向性、鲁棒性和无模型的差异甲基化分析

Bioconductor版本:3.12

这个包提供了基于可变重要性度量(VIMs)的差异甲基化分析工具，VIMs是因果推理中产生的一类统计目标参数。所提供的估计和推断过程是非参数的，依靠集成机器学习来灵活评估协变量之间的函数关系和感兴趣的结果。这些工具可以应用于CpG位点水平的差异甲基化，即使经过多个假设检验的修正，也可以获得有效的统计推断。

作者:Nima Hejazi [aut, cre, cph]，瑞秋·菲利普斯[ctb]， Mark van der Laan [au, th]，艾伦·哈伯德[ctb, ths]

维护者:Nima Hejazi

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“methyvim”)

超文本标记语言	R脚本	差异甲基化分析的目标数据自适应估计与推断
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，DNAMethylation，DifferentialMethylation，MethylSeq，MethylationArray，软件
版本	1.11.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	统计数据,集群、方法、ggplot2，ggsci，gridExtra，过热，dplyr，gtools，tmle(> = 1.4.0.1),未来，doFuture，S4Vectors，BiocGenerics，BiocParallel，SummarizedExperiment，GenomeInfoDb，bumphunter，IRanges，limma，minfi
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown，BiocStyle，SuperLearner，地球，nnet，gam，手臂，雪平行,BatchJobs，minfiData，methyvimData
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/nhejazi/methyvim
BugReports	https://github.com/nhejazi/methyvim/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	methyvim_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	methyvim_1.11.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	methyvim_1.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methyvim
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ methyvim
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/methyvim/
包下载报告	下载数据