附近

doi：10.18129/b9.bioc.nearbynding

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅附近。

辨别RNA结构近端与蛋白质结合

生物导体版本：3.12

提供了一条管道，以辨别RNA结构在用户定义的转录组区域内的蛋白质结合位点。夹子蛋白结合数据可以作为对齐的BAM或峰值床图文件输入。可以从序列内部预测RNA结构，或者用户可以选择输入其自己的RNA结构数据。RNA结构结合曲线可以在多种格式上进行视觉和定量比较。

作者：Veronica Busa [Cre]

维护者：jhmi.edu> veronica busa

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“附近的bynding”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“附近”）

PDF	R脚本	附近的小插图
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	聚类，，，，datarepresentation，，，，主题，，，，多重组合，，，，软件，，，，结构预测，，，，可视化
版本	1.0.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（0.5岁）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 4.0）
进口	r.utils，，，，矩阵，，，，plyranges，，，，运输，，，，rsamtools，，，，S4VECTORS，grdevices，图形，rtracklayer，，，，dplyr，，，，GenomeInfodB， 方法，基因组机，utils，统计，马格里特，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，GGPLOT2，，，，GPLOTS，，，，生物基因，，，，rlang
链接
建议	尼特
系统要求	BedTools（> = 2.28.0），立体纪录（> = V2.20），CAPR（> = 1.1.1）
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	附近的_1.0.0.0.tar.gz
Windows二进制	附近的_1.0.0.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	附近的_1.0.0.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nearbynding
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/附近
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/nearbynding/
软件包下载报告	下载统计