netSmooth

DOI:10.18129 / B9.bioc.netSmooth

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见netSmooth．

scRNAseq的网络平滑

Bioconductor版本:3.12

netSmooth是一个R包，用于单细胞RNA测序数据的网络平滑。利用生物网络，如蛋白质-蛋白质相互作用作为基因共表达的先验，netsmooth提高了从嘈杂、稀疏的scRNAseq数据中识别细胞类型的能力。

作者:Jonathan Ronen [aut, cre]， Altuna Akalin [aut]

维护者:Jonathan Ronen

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("netSmooth")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“netSmooth”)

超文本标记语言	R脚本	PPI图的生成
超文本标记语言	R脚本	netSmooth例子
PDF		参考手册

细节

biocViews	聚类，DimensionReduction，GeneExpression，GraphAndNetwork，网络，归一化，预处理，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5)，嘘(> = 1.15.11),clusterExperiment(> = 2.1.6)
进口	熵，SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，矩阵，集群，data.table，统计，方法，DelayedArray，HDF5Array(> = 1.15.13)
链接
建议	knitr，testthat，Rtsne，biomaRt，igraph，STRINGdb，敝中断，pheatmap，ggplot2，BiocStyle，rmarkdown，BiocParallel，uwot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BIMSBbioinfo/netSmooth
BugReports	https://github.com/BIMSBbioinfo/netSmooth/issues
全靠我
进口我	netDx
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	netSmooth_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	netSmooth_1.10.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	netSmooth_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netSmooth
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/netSmooth
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/netSmooth/
软件包下载报告	下载数据