openPrimeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.openPrimeR

该软件包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见openPrimeR．

多重PCR引物设计与分析

Bioconductor版本:3.12

设计、评估和比较多重PCR引物集的方法实现。引物的设计是通过求解一个集合覆盖问题，使覆盖模板序列的数量以尽可能小的引物集合最大化。为保证生成高质量的引物，只选择符合理化性质约束的引物。一个闪亮的应用程序为这个包的功能提供了一个用户界面，由“openPrimeRui”包提供。

作者:Matthias Döring [aut, cre]， Nico Pfeifer [aut]

维护者:Matthias Döring < Matthias -doering at gmx.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("openPrimeR")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“openPrimeR”)

超文本标记语言	R脚本	openPrimeR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，MultipleComparison，软件，技术
版本	1.12.1
在Bioconductor中	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	Biostrings(> = 2.38.4),XML(> = 3.98 - -1.4),尺度(> = 0.4.0),reshape2(> = 1.4.1),seqinr(> = 3.3 3),IRanges(> = 2.4.8),GenomicRanges(> = 1.22.4),ggplot2(> =魅惑,plyr(> = 1.8.4),dplyr(> = 0.5.0),stringdist(> = 0.9.4.1),stringr(> = 1.0.0),RColorBrewer(> = 1.1 2),解读(> = 1.16.1),lpSolveAPI(> = 5.5.2.0-17),消化(> = 0.6.9),Hmisc(> = 3.17 4),猿(> = 3.5),BiocGenerics(> = 0.16.1),S4Vectors0.8.11(> =外观),foreach(> = 3),magrittr(> = 1.5),分配(> = 2.6),distrEx(> = 2.6),fitdistrplus(> = 1.0 7),uniqtag(> = 1.0),openxlsx(> = 4.0.17)、网格(> = 3.1.0),grDevices(> = 3.1.0),数据(> = 3.1.0),utils(> = 3.1.0)、方法(> = 3.1.0)
链接
建议	testthat(> = 1.0.2中),knitr(> = 1.13),rmarkdown(> = 1.0),devtools(> = 1.12.0),doParallel(> = 1.0.10),老鸨(> = 0.6.0),learnr(> = 0.9)
SystemRequirements	MAFFT (> = 7.305), OligoArrayAux (> = 3.8), ViennaRNA(> = 2.4.1),(> = 5.1.1)融化,Pandoc (> = 1.12.3)
增强了
URL
这取决于我	openPrimeRui
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	openPrimeR_1.12.1.tar.gz
Windows二进制	openPrimeR_1.12.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	openPrimeR_1.12.1.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/openPrimeR
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/openPrimeR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/openPrimeR/
软件包下载报告	下载数据