周期性

doi：10.18129/b9.bioc.periodicdna

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅周期性。

在DNA序列中识别K-MER的定期出现的一组工具

生物导体版本：3.12

该R软件包可帮助用户定期识别K-MER（例如DI-或三核苷酸）在一组基因组基因座（通常是调节元素）中。该软件包的功能提供了一种直接的方法，可以在DNA序列（例如调节元素）中找到K-MER的周期性发生。它不是旨在识别由保守距离隔开的图案。有关此类分析，请访问Meme网站。

作者：Jacques Serizay [AUT，CRE]

维护者：jacques serizay

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ ecienticdna”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ praceicdna”）

html	R脚本	周期性介绍
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	结盟，，，，覆盖范围，，，，DataImport，，，，图案，，，，主题，，，，测序，，，，测序，，，，软件
版本	1.0.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（0.5岁）
执照	GPL-3 +文件执照
要看	r（> = 4.0），生物弦，，，，基因组机，，，，iranges，，，，BSGENOME，，，，生物比较
进口	S4VECTORS，，，，rtracklayer，统计GenomeInfodB，，，，马格里特，，，，动物园，，，，GGPLOT2，方法，并行，牛仔图
链接
建议	BSGENOME.SCEREVISIAE.UCSC.SACCER3，，，，bsgenome.celegans.ucsc.ce11，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm6，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER10，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10，，，，网状，，，，测试，，，，COVR，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，pkgdown
系统要求
增强
URL	https://github.com/js2264/periodicdna
BugReports	https://github.com/js2264/periodicdna/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	odecicdna_1.0.0.0.tar.gz
Windows二进制	周期性dna_1.0.0.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	周期性DNA_1.0.0.TGZ
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/periodicdna
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/周期性
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/periodicdna/
软件包下载报告	下载统计