podkat

doi：10.18129/b9.bioc.podkat

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅podkat。

位置依赖性内核协会测试

生物导体版本：3.12

该软件包提供了一个能够处理非常稀有甚至私人变体的关联测试。这是通过基于内核的方法来完成的，该方法考虑了变体的位置。该测试可用于预处理的矩阵数据，也可以直接用于存储在VCF文件中的变体数据。可以对整个基因组，全外观或仅限于预定义的感兴趣区域进行关联测试。该测试通过用于分析和可视化结果的工具补充。

作者：Ulrich Bodenhofer

维护者：ulrich bodenhofer

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ podkat”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Podkat”）

PDF	R脚本	podkat-涉及稀有和私人变体的关联测试的R软件包
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，DataImport，，，，遗传学，，，，测序，，，，软件，，，，变体，，，，全媒体
版本	1.22.0
在生物导体中	Bioc 3.1（R-3.2）（6年）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 3.2.0），方法，rsamtools（> = 1.99.1），基因组机
进口	RCPP（> = 0.11.1），并行，统计，图形，grdevices，utils，生物酶，，，，生物基因，，，，矩阵，，，，GenomeInfodB，，，，iranges，，，，生物弦，，，，BSGENOME（> = 1.32.0）
链接	RCPP，，，，Rhtslib（> = 1.15.3）
建议	bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38.masked，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10.masked，，，，Gwastools（> = 1.13.24），变体，，，，总结性特征，，，，尼特
系统要求	gnu做
增强
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/podkat/https://github.com/ubod/podkat
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	podkat_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	podkat_1.22.0.zip（32-和64位）
MacOS 10.13（高山脉）	podkat_1.22.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/podkat
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/podkat
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/podkat/
软件包下载报告	下载统计