pqsfinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.pqsfinder

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见pqsfinder．

潜在四复合体形成序列的识别

Bioconductor版本:3.12

Pqsfinder可以检测到可能折叠成分子内g四聚体(G4)的DNA和RNA序列模式。与许多其他方法不同的是，pqsfinder能够检测到由包含凸起或不匹配的不完美g跑或有长环的g4折叠而成的g4。Pqsfinder还为每个匹配到G4测序数据的命中分配一个整数分，并对应于折叠G4的预期稳定性。

作者:Jiri Hon, Dominika Labudova, Matej Lexa和Tomas Martinek

维护者:Jiri Hon < Jiri。Hon在gmail.com>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("pqsfinder")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“pqsfinder”)

超文本标记语言	R脚本	pqsfinder:用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneRegulation，MotifDiscovery，SequenceMatching，软件
版本	2.6.0
在Bioconductor公司	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	bsd_clause +文件许可证
取决于	Biostrings
进口	Rcpp(> = 0.12.3),GenomicRanges，IRanges，S4Vectors、方法
链接	Rcpp，黑洞(> = 1.69.0)
建议	BiocStyle，knitr，Gviz，rtracklayer，ggplot2，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，testthat，stringr，stringi
SystemRequirements	GNU make, c++ 11
增强了
URL	https://pqsfinder.fi.muni.cz
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	pqsfinder_2.6.0.tar.gz
Windows二进制	pqsfinder_2.6.0.zip(32- & 64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	pqsfinder_2.6.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pqsfinder
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pqsfinder
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/pqsfinder/
软件包下载报告	下载数据