prebs

DOI:10.18129 / B9.bioc.prebs

该软件包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见prebs．

对RNA-seq数据进行探针区域表达估计，以提高微阵列的可比性

Bioconductor版本:3.12

prebs包旨在使rna测序(RNA-seq)数据与微阵列数据更具可比性。通过使用改进版本的RMA算法总结探针区域的基于序列的表达式来实现可比性。该管道以BAM格式的映射读取作为输入，并产生基因表达或原始微阵列探针集表达作为输出。

作者:Karolis Uziela和Antti Honkela

维护者:Karolis Uziela < Karolis。Uziela在sciilifelab .se>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("prebs")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“prebs”)

PDF	R脚本	prebs用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，ImmunoOncology，微阵列，预处理，RNASeq，测序，软件
版本	1.30.0
在Bioconductor中	BioC 2.12 (R-3.0)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.14.0)，GenomicAlignments，affy，战
进口	并行，方法，统计，GenomicRanges(> = 1.13.3),IRanges，Biobase，GenomeInfoDb，S4Vectors
链接
建议	prebsdata，hgu133plus2cdf，hgu133plus2probe
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	prebs_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	prebs_1.30.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	prebs_1.30.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/prebs
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/prebs
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/prebs/
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