proactiv

doi：10.18129/b9.bioc.proactiv

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅proactiv。

从RNA-Seq数据估算启动子活性

生物导体版本：3.12

大多数人基因都有多个控制不同同工型表达的启动子。这些替代启动子的使用可以在转录前调节同工型表达。替代启动子在多种细胞类型和疾病中很重要。PROCTIV是一个R软件包，可以从RNA-Seq数据中分析启动子。Proactiv使用对齐的读取作为输入，并为每个带注释的启动子生成计数和归一化启动子活性估计。特别是，ProActiv接受TopHat2或Star或BAM文件作为输入的交界文件。然后，这些估计值可用于识别哪个启动子活跃，哪个启动子不活动，哪些启动子在跨条件下改变其活动。

作者：Deniz Demircioglu [aut]，乔纳森·戈克[aut]，约瑟夫·李[CRE]

维护者：u.nus.edu> Joseph Lee

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ proactiv”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ proactiv”）

html	R脚本	从具有ProCtiv的RNA-Seq数据中识别主动和替代启动子
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	替代方案，，，，差速器，，，，表观遗传学，，，，功能基因组学，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，预处理，，，，rnaseq，，，，软件，，，，转录，，，，转录组学
版本	1.0.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（0.5岁）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 4.0.0）
进口	dplyr，，，，基因组机，，，，GenomicFeatures，，，，基因组签名，，，，GenomeInfodB，，，，iranges，，，，S4VECTORS， 方法，rlang，，，，总结性特征，，，，AnnotationDbi，，，，deseq2，，，，Data.Table，，，，蒂布尔，，，，GVIZ，，，，生物比较
链接
建议	测试，，，，嘲弄，，，，BSGENOME，，，，生物管理器，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，dexseq，，，，RTSNE，，，，GGPLOT2，，，，花花公子，，，，VDIFFR
系统要求
增强
URL	https://github.com/goekelab/proactiv
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	proactiv_1.0.0.0.tar.gz
Windows二进制	proactiv_1.0.0.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	proactiv_1.0.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/proactiv
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/proactiv
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/proactiv/
软件包下载报告	下载统计