psichomics

DOI:10.18129 / B9.bioc.psichomics

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见psichomics．

可供选择的剪接量化，分析和可视化的图形界面

Bioconductor版本:3.12

基于癌症基因组图谱(TCGA)，基因型-组织表达项目(GTEx)，序列读取档案(SRA)和用户提供的数据的可选剪接量化和综合分析剪接和基因表达的交互式R包基于直观的基于发亮的图形界面。该工具可以交互式地进行生存、降维、基于中位数和方差的差分剪接和基因表达分析，这些分析得益于临床和分子样本相关特征(如肿瘤分期或生存期)的合并。还包括对基因组图谱的交互式可视化访问和所选备选剪接事件的功能注释。

作者:Nuno Saraiva-Agostinho [aut, cre]，努诺Luís巴博萨-莫莱[aut, lead, th]， André Falcão [ths]， Lina Gallego Paez [ctb]， Marie Bordone [ctb]， Teresa Maia [ctb]， Mariana Ferreira [ctb]， Ana Carolina Leote [ctb]， Bernardo de Almeida [ctb]

维护人员:Nuno Saraiva-Agostinho

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“psichomics”)

超文本标记语言	R脚本	案例研究:命令行界面(CLI)教程
超文本标记语言	R脚本	案例研究:视觉界面
超文本标记语言	R脚本	加载SRA, vasts - tools和用户提供的RNA-seq数据
超文本标记语言	R脚本	为psichomics准备一个可选的拼接注释
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing，BiomedicalInformatics，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，GUI，GeneExpression，ImmunoOncology，MultipleComparison，PrincipalComponent，RNASeq，测序，软件，生存，转录，转录组，可视化
版本	1.16.0
在Bioconductor公司	BioC 3.4 (R-3.3)(4.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)，闪亮的(> = 1.5.0),shinyBS
进口	AnnotationDbi，AnnotationHub，BiocFileCache，集群，colourpicker，data.table，消化，dplyr，DT(> = 0.2),刨边机，fastICA，fastmatch，ggplot2，ggrepel，图形，grDevices，highcharter(> = 0.5.0),htmltools，httr，jsonlite，limma，pairsD3，plyr，Rcpp(> = 0.12.14),重新计票，Rfast，R.utils，reshape2，shinyjs，stringr统计数据,SummarizedExperiment，生存工具，效用，XML，xtable、方法、org.Hs.eg.db
链接	Rcpp
建议	testthat，knitr平行,devtools，rmarkdown，gplots，covr，车，rstudioapi，拼写
SystemRequirements
增强了
URL	https://nuno-agostinho.github.io/psichomics/https://github.com/nuno-agostinho/psichomics/
BugReports	https://github.com/nuno-agostinho/psichomics/issues
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	psichomics_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	psichomics_1.16.0.zip(32- & 64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	psichomics_1.16.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/psichomics
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/psichomics
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/psichomics/
软件包下载报告	下载数据