ribosomeProfilingQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.ribosomeProfilingQC

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ribosomeProfilingQC．

核糖体谱分析质量控制

Bioconductor版本:3.12

Ribo-Seq(也被称为核糖体分析或脚印)通过直接量化核糖体保护片段(RPFs)来测量翻译组(不同于RNA-Seq，它对转录组进行排序)。该软件包为核糖体分析的质量评估提供了工具。此外，它还可以对Ribo-Seq数据进行预处理，用于后续的微分分析。

作者:欧建宏[aut, cre]，玛丽亚·霍伊[au]

维护者:Jianhong Ou < Jianhong。你在duke.edu>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ribosomeProfilingQC")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“ribosomeProfilingQC”)

超文本标记语言	R脚本	ribosomeProfilingQC装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道，GeneRegulation，质量控制，RiboSeq，测序，软件，可视化
版本	1.2.1 "
在Bioconductor公司	BioC 3.11 (R-4.0)(1年)
许可证	GPL(>=3) +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)，GenomicRanges
进口	AnnotationDbi，BiocGenerics，Biostrings，BSgenome，EDASeq，GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomeInfoDb，IRanges、方法、motifStack，rtracklayer，Rsamtools，RUVSeq，Rsubread，S4Vectors，XVector，ggplot2，ggfittext，尺度，ggrepel跑龙套,集群，统计，图形，网格
链接
建议	RUnit，BiocStyle，knitr，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10，刨边机，limma，testthat
SystemRequirements
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ribosomeProfilingQC_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	ribosomeProfilingQC_1.2.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ribosomeProfilingQC_1.2.1.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/ribosomeProfilingQC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ribosomeProfilingQC
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ribosomeProfilingQC/
软件包下载报告	下载数据