rtracklayer

DOI:10.18129 / B9.bioc.rtracklayer

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见rtracklayer

基因组注释文件和UCSC基因组浏览器的R接口

Bioconductor版本:3.12

可扩展的框架,用于与多个基因组浏览器交互(目前UCSC内置),并以各种格式操作注释轨道(目前GFF, BED, bedGraph, BED15, WIG, BigWig和2bit内置)。用户可以从支持的浏览器导出/导入音轨,以及查询和修改浏览器的状态,如当前的视口。

作者:迈克尔·劳伦斯,文斯·凯里,罗伯特·绅士

维护者:Michael Lawrence

引用(从R中,输入引用(“rtracklayer”)):

安装

要安装此包,启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“rtracklayer”)

PDF R脚本 rtracklayer
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 安装
文本 许可证

细节

biocViews 注释DataImport软件可视化
版本 1.50.0
Bioconductor自 BioC 2.2 (R-2.7)(13年)
许可证 艺术- 2.0 +文件许可证
取决于 R(>= 3.3),方法,GenomicRanges(> = 1.37.2)
进口 XML(1.98 > = 0),BiocGenerics(> = 0.35.3),S4Vectors(> = 0.23.18),IRanges(> = 2.13.13),XVector(> = 0.19.7),GenomeInfoDb(> = 1.15.2),Biostrings(> = 2.47.6),zlibbiocRCurl(> = 1.4 2),Rsamtools(> = 1.31.2),GenomicAlignments(> = 1.15.6)、工具
链接 S4VectorsIRangesXVector
建议 BSgenome(> = 1.33.4),humanStemCell(> = 1.1.1),genefilterlimmaorg.Hs.eg.dbhgu133plus2.dbGenomicFeaturesBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneRUnit
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我 BRGenomicsBSgenomeCAGEfightRChIPCompChIPSeqSpikeCoverageViewCSSQ腰带EatonEtAlChIPseqExClustergeneXtendeRGenomicFilesgroHMM吉他HelloRangesIdeoVizliftOverLoomExperimentMethylSeekRr3Cseq测序StructuralVariantAnnotation
进口我 阿尔卑斯山脉AnnotationHubDataannotatrAPAlyzerASpediaFIATACseqQC舞会礼服BgeeCallbiscuiteerBiSeq分歧点BSgenome篮球选手卡斯珀CexoRChIPanalyserchipenrichchipenrich.dataChIPpeakAnnoChIPseekerChromHeatMapChromSCapechromswitchcircRNAprofilercn彗星CompGOconsensusSeekeRcontiBAITconumeecustomProDB位深蓝derfinderDEScan2diffHicdiffloopDMCFBDMCHMMDMRcatedatadmrseqeisaR埃尔默ENCODExplorerenrichTFensembldbermaesATACexomePeak2fcScanFourCSeqFunciSNPFunciSNP.datagenbankrgeneAttributiongeneLenDataBaseGeneStructureToolsgenomationGenomicFeaturesGenomicInteractionsGenomicStategenotypeevalggbioGGtoolsgmapRgmoviz哥特gQTLBaseGreyListChIPGvizhiAnnotatorHiTCHTSeqGenieiceteaigvR检查InTADIsoformSwitchAnalyzeRkaryoploteRMACPETMADSEQ微波激射器MEDIPSmetagenemetagene2metaseqR2methrixmethyAnalysismethylKitmotifbreakRMotifDbmulticrisprNADfindernanotatoRnearByndingNoRCEnormrOMICsPCAORFik过去的periodicDNAPGAplyranges婴儿车primirTSSproBAMrprofileplyrPureCNqseaQuasR美国广播公司重新计票recount3收回地区REMPRepitoolsRGMQLRiboProfilingribosomeProfilingQCRIPATRNAmodRRNAprobR咆哮SCANVISscPipe颈背seqCATseqplotsseqsetvissevenCSGSeqSigsPackSingscoreAMLMutationssoGGisrnadiffTFBSToolstrackViewertranscriptRtRNAscanImportTSRchitectVariantAnnotationVariantToolswavClusteRwiggleplotr
建议我 高山AnnotationHubBiocFileCachebiovizBasebsseqchipseqDB西塞罗CINdexcompEpiToolsCrispRVariantscsawUsersGuideDAMEfinderdasperdsQTLEpiTxDb.Hs.hg38epivizrChartepivizrDataFDb.FANTOM4.promoters.hg19geneXtendeRGenomicAlignmentsGenomicRangesGeuvadisTranscriptExprgoseqInPASinteractiveDisplaymegadepthmetaseqRmethylumimiRBaseConverterMotIVMutationalPatterns纳米管NarrowPeaksOrganismDbiPasillaTranscriptExprπ图片pipeFramepqsfinderR453Plus1ToolboxrGADEM林格RNAmodR。AlkAnilineSeqRNAmodR。毫升RNAmodR。RiboMethSeqRnBeadsRSVSim签名者similaRpeakTAPseqTCGAutils三层tRNAdbImportTVTB
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包 rtracklayer_1.50.0.tar.gz
Windows二进制 rtracklayer_1.49.5.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) rtracklayer_1.50.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rtracklayer
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rtracklayer
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/rtracklayer/
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