scPipe

DOI:10.18129 / B9.bioc.scPipe

该软件包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见scPipe。

单细胞RNA-seq数据分析管道

Bioconductor版本:3.12

从fastq文件开始的单细胞RNA-seq数据的预处理管道，并产生具有相关质量控制信息的基因计数矩阵。它可以处理CEL-seq, MARS-seq, Drop-seq, Chromium 10x和SMART-seq协议生成的快速数据。

作者:田鲁一

维护者:田鲁一<天。我在wehi.edu.au>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("scPipe")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“scPipe”)

超文本标记语言	R脚本	scPipe:灵活的3端scRNA-seq数据预处理管道
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，GenomeAnnotation，ImmunoOncology，预处理，质量控制，RNASeq，SequenceMatching，测序，SingleCell，软件，可视化
版本	1.12.0
在Bioconductor中	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.4)，ggplot2、方法、SingleCellExperiment
进口	Rhtslib，biomaRt，GGally，质量，mclust，Rcpp(> = 0.11.3),重塑，BiocGenerics，robustbase，尺度， utils, stats，S4Vectors，SummarizedExperiment，AnnotationDbi，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，stringr，rtracklayer，哈希，dplyr，GenomicRanges，magrittr，胶水1.3.0(> =版本),rlang，嘘(> = 1.11.0)
链接	Rcpp，Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc，testthat
建议	Rsubread，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements	c++ 11, GNU制作
增强了
URL	https://github.com/LuyiTian/scPipe
BugReports	https://github.com/LuyiTian/scPipe
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	scPipe_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	scPipe_1.12.0.zip(32- & 64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	scPipe_1.12.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/scPipe
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/scPipe
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scPipe/
软件包下载报告	下载数据