颈背

DOI:10.18129 / B9.bioc.scruff

该软件包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见颈背。

单细胞RNA-Seq UMI过滤助剂(scruff)

Bioconductor版本:3.12

处理单细胞RNA-seq (scRNA-seq)的管道从CEL-seq和CEL-seq2协议中读取。解复用scRNA-seq FASTQ文件，使用Rsubread将reads与参考基因组对齐，生成UMI过滤计数矩阵。还提供读取对齐和前后对齐QC指标的可视化。

作者:王哲[aut, cre]，胡俊明[aut]， Joshua Campbell [aut]

维护者:王哲<喆at bu.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("scruff")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(颈背)

超文本标记语言	R脚本	使用scaff处理单细胞RNA-Seq读取
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，ImmunoOncology，预处理，质量控制，RNASeq，测序，SingleCell，软件，技术，可视化，WorkflowStep
版本	1.8.3
在Bioconductor中	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	data.table，GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomicRanges，Rsamtools，ShortRead平行,plyr，BiocGenerics，BiocParallel，S4Vectors，AnnotationDbi，Biostrings、方法、ggplot2，ggthemes，尺度，GenomeInfoDb，stringdist，ggbio，rtracklayer，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，Rsubread
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/campbio/scruff/issues
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	scruff_1.8.3.tar.gz
Windows二进制	scruff_1.8.3.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	scruff_1.8.3.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scruff
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scruff
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scruff/
软件包下载报告	下载数据