seqplots

DOI:10.18129 / B9.bioc.seqplots

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见seqplots．

一个交互式工具，用于可视化NGS信号和序列基序密度沿基因组特征使用平均图和热图

Bioconductor版本:3.12

SeqPlots是一种工具，用于绘制基于下一代测序(NGS)的实验信号轨迹，例如从ChIP-seq、RNA-seq和DNA可及性分析(如DNase-seq和MNase-seq)中读取覆盖，覆盖用户指定的基因组特征，例如启动子、基因体等。它还可以从参考基因组中计算序列基序密度剖面。数据被可视化为平均信号剖面图，误差估计(标准误差和95%置信区间)显示为字段，或作为一系列热图，可以使用分层聚类、k-means算法和自组织映射进行排序和聚类。可以使用R编程语言或使用Shiny框架实现的基于web浏览器的图形用户界面(GUI)来编写绘图。双重用途实现允许在桌面本地运行软件或在服务器上部署软件。seqplot对于探索性数据分析和准备可复制的、发布质量的图都很有用。该软件的其他功能包括协作和数据共享功能，以及存储预计算结果矩阵的能力，它结合了许多测序实验和具有多种不同特征的硅内生成轨迹。这些二进制文件可以进一步用于动态生成新的组合绘图，运行自动批处理操作或与同事共享，同事可以在不加载实际轨迹和重新计算数值的情况下调整绘图参数。SeqPlots依赖于Bioconductor包，主要依靠rtrack层进行数据输入，BSgenome包用于参考基因组序列和注释。

作者:Przemyslaw Stempor [aut, cph, cre]

维护者:Przemyslaw Stempor

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“seqplots”)

超文本标记语言	R脚本	SeqPlots GUI
超文本标记语言	R脚本	SeqPlots快速启动
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件，可视化
版本	1.27.0
Bioconductor自	bio 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.2.0)
进口	方法,IRanges，BSgenome，消化，rtracklayer，GenomicRanges，Biostrings，闪亮的(> = 0.13.0),DBI，RSQLite，plotrix，字段、网格kohonen平行,GenomeInfoDb，类，S4Vectors，ggplot2，reshape2，gridExtra，jsonlite，DT(> = 0.1.0),RColorBrewer，Rsamtools，GenomicAlignments，BiocManager
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown，covr
SystemRequirements
增强了
URL	http://github.com/przemol/seqplots
BugReports	http://github.com/przemol/seqplots/issues
取决于我
进口我	ChIPSeqSpike
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	seqplots_1.27.0.tar.gz
Windows二进制	seqplots_1.27.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	seqplots_1.27.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqplots
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ seqplots
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/seqplots/
包下载报告	下载数据