芝麻

DOI:10.18129 / B9.bioc.sesame

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅芝麻。

明智的DNA甲基化BeadChips的步进式分析

Bioconductor版本:3.12

工具分析Illumina公司英飞纳姆DNA甲基化数组。芝麻提供实用工具来支持分析多个代英飞纳姆DNA甲基化BeadChips,包括预处理、质量控制、可视化和推理。芝麻特性更准确的检测要求,intelligenet推理种族、性别和先进的质量控制程序。

作者:周扫读(aut (cre),回族沈(aut),盖Triche[所有],布雷特·巴恩斯(施)

维护人员:扫读周< zhouwanding gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“芝麻”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“芝麻”)

HTML	R脚本	0。芝麻用户指南
HTML	R脚本	1。质量控制
HTML	R脚本	2。大数据
HTML	R脚本	3所示。Minfi交互
HTML	R脚本	4所示。卫生处理的数据
HTML	R脚本	5。霍Mammal40数组
HTML	R脚本	6。鼠标数组
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DNAMethylation,MethylationArray,预处理,质量控制,软件
版本	1.8.12
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0),sesameData、方法
进口	BiocParallelgrDevices跑龙套,stringr,宠物猫,illuminaio,质量,GenomicRanges,IRanges、网格preprocessCore,S4Vectors,randomForest,wheatmap,ggplot2平行,matrixStats,DNAcopy统计数据,SummarizedExperiment
链接
建议	尺度,knitr,rmarkdown,testthat,dplyr,tidyr,BiocStyle,IlluminaHumanMethylation450kmanifest,minfi,FlowSorted.CordBloodNorway.450k,FlowSorted.Blood.450k,HDF5Array
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/zwdzwd/sesame
BugReports	https://github.com/zwdzwd/sesame/issues
取决于我
进口我	TCGAbiolinksGUI
建议我	sesameData,TCGAbiolinks
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	sesame_1.8.12.tar.gz
Windows二进制	sesame_1.8.10.zip
macOS 10.13(高山脉)	sesame_1.8.12.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sesame
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/芝麻
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/sesame/
包下载报告	下载数据