snapcount

DOI:10.18129 / B9.bioc.snapcount

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅snapcount。

R / Bioconductor方案与Snaptron快速查询的表达

Bioconductor版本:3.12

snapcount Snaptron web服务客户端接口,支持查询基因名称或基因组区域。结果包括原始表达式计数来自对齐RNA-seq样品和/或各种总结措施表达基因/跨一个或多个区域每个样本(例如拼接百分比)。

作者:檐沟查尔斯

维修工:查尔斯檐沟< rcharle8 jh.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“snapcount”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“snapcount”)

HTML	R脚本	snapcount快速入门指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道,DataImport,GeneExpression,RNASeq,测序,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	R6,httr,rlang,purrr,jsonlite,为了,data.table,矩阵,magrittr、方法、stringr统计数据,IRanges,GenomicRanges,SummarizedExperiment
链接
建议	BiocManager,bit64,covr,knitcitations,knitr(> = 1.6),JunctionSeq,devtools,BiocStyle(> = 2.5.19),rmarkdown(> = 0.9.5),testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/langmead-lab/snapcount
BugReports	https://github.com/langmead-lab/snapcount/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	snapcount_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	snapcount_1.2.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	snapcount_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/snapcount
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ snapcount
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/snapcount/
包下载报告	下载数据