soggi

doi：10.18129/b9.bioc.soggi

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅soggi。

可视化chip-seq，mnase-seq和基序的出现为汇总的基因组间隔的汇总图

生物导体版本：3.12

SOGGI软件包提供了一个工具集来创建来自BAM和BAM和Bigwig文件以及PWM，RLELIST，GRANGES和GALIGNEMENT BIOCONDEMENTS BIOCONDUCTOR对象的信号或基序的基因组间隔聚合/摘要图。Soggi允许在摘要绘图对象和摘要之间以及通过Granges对象和用户提供的元数据对图进行分组和子集的标准化，转换和算术操作。使用GGPLOT2 LIBARY创建图，以允许用户定义的返回图​​对象的操纵。结合在一起，soggi采用了一组广泛的方法，可以在基因组间隔（例如基因，超增强剂和转录因子结合事件）的背景下可视化基因组学数据。

作者：Gopuraja Dharmalingam，Doug Barrows，Tom Carroll

维护者：汤姆·卡罗尔（Tom Carroll）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ soggi”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Soggi”）

PDF	R脚本	soggi
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	chipseq，，，，覆盖范围，，，，测序，，，，软件
版本	1.22.0
在生物导体中	Bioc 3.1（R-3.2）（6年）
执照	GPL（> = 3）
要看	r（> = 3.2.0），生物基因，，，，总结性特征
进口	方法，RESHAPE2，，，，GGPLOT2，，，，S4VECTORS，，，，iranges，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，生物弦，，，，rsamtools，，，，基因组签名，，，，rtracklayer，，，，预处理，，，，chipseq，，，，生物比较
链接
建议	测试，，，，生物使用，，，，尼特
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我	profileplyr
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	soggi_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	soggi_1.22.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	soggi_1.22.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/soggi
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/soggi
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/soggi/
软件包下载报告	下载统计