tximeta

DOI:10.18129 / B9.bioc.tximeta

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见tximeta．

使用自动元数据的文本量化导入

Bioconductor版本:3.12

转录量化从Salmon和alevin导入，自动附加转录范围和发布信息，以及其他相关的元数据。用linkedtxome将新生转录组链接到适当的来源，并共享计算重现性。

作者:Michael Love [aut, cre]， Charlotte Soneson [aut, ctb]， Peter Hickey [aut, ctb]， Rob Patro [aut, ctb]

维护者:Michael Love

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“tximeta”)

超文本标记语言	R脚本	文本量化导入与自动元数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，DataImport，FunctionalGenomics，GeneExpression，GenomeAnnotation，ImmunoOncology，预处理，RNASeq，ReportWriting，ReproducibleResearch，SingleCell，软件，转录，转录组
版本	1.8.5
在Bioconductor公司	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	GPL-2
取决于
进口	SummarizedExperiment，tximport，jsonlite，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，AnnotationDbi，GenomicFeatures，ensembldb，BiocFileCache，AnnotationHub，Biostrings，宠物猫，GenomeInfoDb，rappdirs， utils，方法，矩阵
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，tximportData，org.Dm.eg.db，DESeq2，刨边机，limma，devtools
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mikelove/tximeta
全靠我	rnaseqGene
进口我	IsoformSwitchAnalyzeR
建议我	DESeq2，鱼池，fluentGenomics
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	tximeta_1.8.5.tar.gz
Windows二进制	tximeta_1.8.5.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	tximeta_1.8.5.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tximeta
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tximeta
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/tximeta/
软件包下载报告	下载数据