wavClusteR

DOI:10.18129 / B9.bioc.wavClusteR

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见wavClusteR．

PAR-CLIP数据中rna -蛋白质相互作用位点的敏感和高分辨率识别

Bioconductor版本:3.12

该软件包为分析PAR-CLIP数据提供了一个集成的管道。通过非参数混合模型，首先从测序误差、snp和其他非实验源中分辨出par - clip诱导跃迁。然后以高分辨率解析蛋白质结合位点(簇)，并使用严格的贝叶斯框架估计簇统计量。结果的后处理，数据导出UCSC基因组浏览器可视化和motif搜索分析。此外，该包允许集成RNA-Seq数据来估计集群检测的错误发现率。关键功能支持并行多核计算。注:虽然wavClusteR是为PAR-CLIP数据分析而设计的，但它也可以应用于从诱导核苷酸取代的实验过程中获得的其他NGS数据的分析(如BisSeq)。

作者:Federico Comoglio和Cem Sievers

维护人员:Federico Comoglio

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("wavClusteR")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“wavClusteR”)

超文本标记语言	R脚本	wavClusteR:用于PAR-CLIP数据分析的工作流
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，ImmunoOncology，RIPSeq，RNASeq，测序，软件，技术
版本	2.24.0
在Bioconductor公司	bio 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.2)，GenomicRanges(> = 1.31.8),Rsamtools
进口	方法,BiocGenerics，S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),Biostrings(> = 2.47.6),foreach，GenomicFeatures(> = 1.31.3),ggplot2，Hmisc，mclust，rtracklayer(> = 1.39.7),seqinr，stringr
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了	doMC
URL
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建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	wavClusteR_2.24.0.tar.gz
Windows二进制	wavClusteR_2.24.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	wavClusteR_2.24.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/wavClusteR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/wavClusteR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/wavClusteR/
软件包下载报告	下载数据