zFPKM

DOI:10.18129 / B9.bioc.zFPKM

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见zFPKM．

促进zFPKM转换的一套函数

Bioconductor版本:3.12

对RNA-seq FPKM数据进行zFPKM变换。该算法基于Hart等人2013年发表的文章(Pubmed ID 24215113)。参考文献建议使用zFPKM > -3选择表达基因。与编码开放/封闭染色体数据验证。适用于使用FPKM或TPM的基因水平数据。似乎不能很好地校准转录水平数据。

作者:罗恩·阿玛尔[aut, cre]，约翰·汤普森[aut]

维护者:Ron Ammar < Ron。阿马尔在bms.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("zFPKM")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“zFPKM”)

超文本标记语言	R脚本	zFPKM改造简介
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	FeatureExtraction，GeneExpression，ImmunoOncology，RNASeq，软件
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	GPL-3 |文件许可证
取决于	R (>= 3.4.0)
进口	使彻底失败，dplyr，ggplot2，tidyr，SummarizedExperiment
链接
建议	knitr，limma，刨边机，GEOquery，stringr，printr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ronammar/zFPKM/
BugReports	https://github.com/ronammar/zFPKM/issues
全靠我
进口我	DGEobj.utils
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	zFPKM_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	zFPKM_1.12.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	zFPKM_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/zFPKM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/zFPKM
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/zFPKM/
软件包下载报告	下载数据