### R代码从vignette源代码的ArrayTools。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:ArrayTools。Rnw: 55 - 61 ################################################### 库(ArrayTools)数据(exprsExample)头(exprsExample)暗(exprsExample)数据(pDataExample) pDataExample ################################################### ### 代码块2号:ArrayTools。Rnw: 70 - 73 ################################################### rownames (exprsExample) < - exprsExample美元probeset_id eSet < - createExpressionSet (pData = pDataExample exprs = exprsExample注释=“hugene10sttranscriptcluster”)的(分野 ) ################################################### ### 代码块3号:ArrayTools。Rnw: 90 - 93 ################################################### 正常< - preProcessGeneST (eSet、输出= TRUE)正常的(正常 ) ################################################### ### 代码块数量4:ArrayTools。Rnw: 110 - 112 ################################################### 数据(QC) qaGeneST(正常,c(“治疗”,“集团”),质量控制 ) ################################################### ### 代码块5号:ArrayTools。Rnw: 129 - 130 ################################################### < - geneFilter过滤(正常、numChip = 2 bg = 4, iqrPct = 0.1, = TRUE输出 ) ################################################### ### 代码块6号:ArrayTools。Rnw: 144 - 146 ################################################### design1 < -新(“designMatrix”,目标= pData(过滤),反是=“治疗”)design1 ################################################### ### 代码块7号:ArrayTools。Rnw: 151 - 153 ################################################### design2 < -新(“designMatrix”,目标= pData(过滤),反是= c(“治疗”,“集团”))design2 ################################################### ### 代码块8号:ArrayTools。Rnw: 161 - 163 ################################################### contrast1 < -新(“contrastMatrix”设计。矩阵= design1 compare1 = "治疗",compare2 contrast1 =“控制”) ################################################### ### 代码块9号:ArrayTools。Rnw: 169 - 171 ################################################### contrast2 < -新(“contrastMatrix”设计。矩阵= design2 compare1 = "治疗",compare2 contrast2 =“控制”) ################################################### ### 代码块10号:ArrayTools。Rnw: 179 - 181 ################################################### result1 < -回归编写此表达式(过滤、contrast1) result2 < -回归(过滤、contrast2 ) ################################################### ### 代码块11号:ArrayTools。Rnw:190-192 ################################################### sigResult1 <- selectSigGene(result1, p.value=0.05, fc.value=log2(1.5)) sigResult2 <- selectSigGene(result2, p.value=0.05, fc.value=log2(1.5)) ################################################### ### code chunk number 12: ArrayTools.Rnw:200-202 ################################################### Sort(sigResult1, sorted.by = 'pValue') Sort(sigResult2, sorted.by = 'F') ################################################### ### code chunk number 13: ArrayTools.Rnw:210-212 ################################################### Output2HTML(sigResult1) Output2HTML(sigResult2) ################################################### ### code chunk number 14: ArrayTools.Rnw:224-228 ################################################### designInt <- new("designMatrix", target=pData(filtered), covariates = c("Treatment", "Group"), intIndex=c(1,2)) designInt contrastInt <- new("contrastMatrix", design.matrix = designInt, interaction = TRUE) contrastInt ################################################### ### code chunk number 15: ArrayTools.Rnw:234-236 ################################################### resultInt <- regress(filtered, contrastInt) sigResultInt <-selectSigGene(resultInt, p.value=0.05, fc.value=log2(1.5)) ################################################### ### code chunk number 16: ArrayTools.Rnw:252-254 ################################################### intResult <- postInteraction(filtered, sigResultInt, mainVar ="Treatment", compare1 = "Treated", compare2 = "Control") sigResultInt <- selectSigGeneInt(intResult, pGroup = 0.05, pMain = 0.05) ################################################### ### code chunk number 17: ArrayTools.Rnw:261-262 ################################################### Output2HTML(sigResultInt) ################################################### ### code chunk number 18: ArrayTools.Rnw:270-271 ################################################### createIndex (sigResult1, sigResult2, intResult)