在家庭维护中，垫片是木材的小楔子，您将其粘在摇摆的实体中，使其更稳定。
我们需要这样的事情来处理基因组学中的不同数据资源。这是一个问题的示例：
## eqtl fp hs ## chrom chr chr chrom ## start snp_pos start start warmstart ## end snp_pos end chromend该数据框架的隆起是Granges特征的目标注释项：Chrom，Start，End。这些列是不同的测定类型。条目i，j是分析类型j的功能i的符号。因此，对于eqtl数据，可以从源属性“ snp_pos”确定启动和结束，而对于足迹（fp），足迹末端表示为“ end”，对于热点（HS），足迹末端表示为“ Chromend”。
为了将数据留在其原始状态，但简化了下游集成，我们使用了诸如basiccfieldsmap将属性名称映射到一个常见的词汇中。
我们用破烂的山戈克斯与远程元号的内容一起使用，该实例具有大量基因组注释。
con1 =蒙哥（（URL =url_txreginaws（），，db =“ txregnet”）CD =txreginfra::basic -coldatarme0 =破烂的山戈克斯（con1，Coldata =光盘）RME0## class: RaggedMongoExpt ## dim: 2640 2640 ## assays(0): ## rownames: NULL ## colnames(2640): Adipose_Subcutaneous_allpairs_v7_eQTL ## Adipose_Visceral_Omentum_allpairs_v7_eQTL ... ## iPS_19_11_DS15153_hg19_FP vHMEC_DS18406_hg19_FP ## colData names(6): base类型...类型中间这里RME0持有对MongoDB数据库的引用，与酷塔零件。（该软件包包括一个单位测试，用于TXREGNET数据库中的集合名称与Coldata元素名称之间的对应关系。）
我们将退后一会儿，给予基本动机。我们希望使用MongoDB来管理有关EQTL，DNASEI高度敏感区域等的数据，而无需策划相关的文件内容。这是eqtl的基本功能的说明：
mycon =蒙哥（（db =“ txregnet”，，，，URL =url_txreginaws（），，＃AWS中的Atlas部署集合=“ lung_allpairs_v7_eqtl”）mycon$寻找（（Q =rjson::托森（（列表（（chr =17），限制=2）## gene_id variant_id tss_distance ma_samples ma_count maf ## 1 ENSG00000272636.1 17_36551_T_C_b37 5124 286 367 0.479112 ## 2 ENSG00000272636.1 17_36718_A_G_b37 5291 246 305 0.398172 ## pval_nominal slope slope_se qvalue chr snp_pos A1 A2 build ## 1 0.000892921 0.176774 0.0527027 0.06317724 17 36551T C B37 ## 2 0.001601720 0.170962 0.0537081 0.09719138 17 36718 A G B37我们需要不同的问用于不同类型的测定的组件，因为用于染色体的内部符号在测定类型之间有所不同。可以出现多元化注释的其他方面，面对这种多样性，SHIM概念有助于将更统一的界面传递给用户。
SBOV功能目前，从破烂的蒙多克斯实例中检索测定结果的主要主力是SBOV，这是一种方法子集串功能。我们将通过与肺相关的EQTL，DNase热点和数字基因组足迹结果提取的提取来说明这一点。
lname_eqtl =“ lung_allpairs_v7_eqtl”lname_dhs =“ ENCFF001SSA_HG19_HS”＃请参阅DNMETAlname_fp =“ flung_ds14724_hg19_fp”Si17 =GenomeInfodB::seqinfo（（基因组=“ HG19”）[“ CHR17”这是给予的Si17n =SI17GenomeInfodB::seqlevelsstyle（si17n）=“ ncbi”S1 =SBOV（rme0 [，lname_eqtl]，格兰格（（“ 17”，，，，iranges（（38.06E6，，，，38.15E6），seqinfo =SI17N））##。##。##。原则上，我们可以避免seqlevelsstyle通过检查测定类型的操作SBOV，但是目前用户必须承担这一责任。
查看有关如何合作的更多信息SBOV输出，检查主小插图。