此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109.
Bioconductor版本:3.12
NCBI dbSNP Build 132中智人的SNP位点和等位基因用于此包的源数据文件由NCBI于2010年11月9日创建,包含映射到参考基因组GRCh37的snp。警告:请注意,除了线粒体染色体外,GRCh37基因组与UCSC的hg19基因组相同。因此,该包中的snp可以被“注入”到bsgenome . hspiens . ucsc中。hg19,但此注射将排除chrM(即不会以该序列注射任何东西)。
作者:Herve Pages
维护:H. Pages
引文(从R内,输入引用(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
参考手册 |
biocViews | AnnotationData,遗传学,Homo_sapiens |
版本 | 0.99.7 |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 2.10),IRanges,GenomicRanges |
进口 | 方法,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges |
链接 | |
建议 | Biostrings,BSgenome(> = 1.16.1),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | ceu1kg,VariantAnnotation |
链接到我 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
源包 | SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109_0.99.7.tar.gz |
Windows二进制 | |
macOS 10.13 (High Sierra) | |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
文档»
Bioconductor
支持»
请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一: