gskb

DOI:10.18129 / B9.bioc.gskb

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用于小鼠通路分析的基因集数据

Bioconductor版本:3.12

基因集知识库(Gene Set Knowledgebase, GSKB)是一种用于小鼠通路分析的综合性知识库。基于生物通路的高通量基因组数据的解释是一个持续的挑战，部分原因是缺乏支持的通路数据库。我们建立了小鼠功能基因组学知识库，包括从基因本体论、KEGG、GeneSetDB、PANTHER、microRNA和转录因子靶基因等40个来源编译的33261条通路和基因集。此外，我们还从2526个已发表的基因表达研究中手动收集和整理了8,747个差异表达基因列表，以检测与先前报道的基因表达签名的相似性。这两类数据构成了一个全面的基因集知识库(Gene Set Knowledgebase, GSKB)，可以被各种途径分析软件如基因集富集分析(Gene Set enrichment analysis, GSEA)使用。作为第一步，我们从40个现有的小鼠相关基因集数据库中收集了注释信息。这些基因集分为7类，分别是基因本体(gene Ontology)、策生途径(Curated pathways)、代谢途径(Metabolic pathways)、转录因子(Transcription Factor, TF)和microRNA靶基因(target genes)、定位(location, cytogenetics band)和其他。对于某些数据库，我们使用了GeneSetDB中的信息。关于这40个来源和引用的详细信息可以在http://ge-lab.org/gskb/Table%201-sources.pdf上找到。文献中的基因列表是通过类似于创建AraPath(拟南芥[12]的类似资源)的过程从单个基因表达研究中手动检索的。 As most expression studies upload raw data to repositories like GEO and ArrayExpress, we used the meta-data in these databases to search for publications. We scanned all datasets we can found and retrieved 4,313 potentially useful papers reporting gene expression studies in mouse. These papers were individually read by curators to identify lists of differentially expressed genes in various conditions. We compiled a total of 8,747 lists of differently expressed genes from 2,518 of papers. Each gene list was annotated with a unique name, brief description, and publication information, similar to the protocol used in MSigDB and Arapath. These gene lists constitute a large collection of published gene expression signatures that form a foundation for interpret new gene lists and expression profiles. More information about this data is available here http://ge-lab.org/gskb/. There is also a paper describing these data are currently in revision by Database: The Journal of Biological Databases and Curation.

作者:Valerie Bares，西金

维护者:Valerie Bares < Valerie。在sdstate。edu>

安装

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文档

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细节

biocViews	ExperimentData，Mus_musculus
版本	1.22.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.2.0)
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建议	PGSEA
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包档案

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源包	gskb_1.22.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gskb
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/gskb
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/gskb/
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