的chipenrich.data包是同伴chipenrich。它包含以下,这是必要的对于基因集富集chipenrich:
chipenrich: supported_locusdefs ()列出了所有可用的轨迹的定义chipenrich: supported_genomes ()。
的LocusDefinition类有以下定义:
方法::setClass(方法:“LocusDefinition”:表示(dframe =“data.frame农庄=“农庄”,基因组。构建= "性格",有机体=“性格”),包= " chipenrich。数据”);nearest_tss:轨迹是该地区跨越相邻基因的tss之间的中点。nearest_gene:轨迹是该地区每个基因的跨越边界之间的中点,在一个基因之间的区域被定义为上游TSS和最远最远的下游基因测试。如果两个基因位点互相重叠,我们以重叠的中点为两个位点之间的边界。当一个基因位点完全嵌套在另一个,我们创建一个不相交的集3间隔,最外层的基因分为2区间分解端点的嵌套基因。1 kb:轨迹是地区内1 kb的tss属于一个基因。如果tss内两个相邻基因2 kb的彼此,我们使用两个tss之间的中点为每个基因位点的边界。1 kb_outside_upstream:轨迹是该地区超过1 kb上游从TSS邻TSS之间的中点。1 kb_outside:轨迹是该地区超过1 kb上游或下游从TSS邻TSS之间的中点。5 kb:轨迹是该地区在5 kb的tss属于一个基因。如果从两个相邻基因tss在10 kb的彼此,我们使用两个tss之间的中点为每个基因位点的边界。5 kb_outside_upstream:轨迹是该地区超过5 kb上游从TSS邻TSS之间的中点。5 kb_outside:轨迹是该地区超过5 kb上游或下游从TSS邻TSS之间的中点。10 kb:轨迹是该地区在10 kb的tss属于一个基因。如果从两个相邻基因tss在20 kb的彼此,我们使用两个tss之间的中点为每个基因位点的边界。10 kb_outside_upstream:轨迹是该地区超过10 kb上游从TSS邻TSS之间的中点。10 kb_outside:轨迹是该地区超过10 kb上游或下游从TSS邻TSS之间的中点。外显子:每个基因都有多个位点对应于其外显子。不同基因之间的重叠是允许的。基因内区:每个基因都有多个位点对应于其内含子。不同基因之间的重叠是允许的。chipenrich: supported_genesets ()列出所有可用genesetschipenrich: supported_genomes ()。
的GeneSet类有以下定义:
#为存储genesets S4类。方法::setClass (“GeneSet”,表示(set.gene =“环境”,类型=“字符”,set.name =“环境”。基因= "性格",有机体=“字符”,dburl =“性格”),方法::原型(set.gene = new.env(父= emptyenv ()), type = ", set.name = new.env(父= emptyenv ()),。基因= " ",有机体= " ",dburl = " "),包= " chipenrich。数据”)TSS对象用于创建QC情节chipenrich ()给tss峰值距离的分布。TSS对象农庄与mcols为gene_id(Entrez基因ID)象征(基因符号)。
chipenrich: supported_supported_read_lengths ()列出了可用的mappability数据。mappability数据data.frame与列geneid和收藏。我们定义碱基对mappability的平均阅读mappability K大小的所有可能读取包含一个特定的碱基对的位置,\ (b \)。
chipenrich我们包括两个示例集,峰值peaks_E2F4和peaks_H3K4me3_GM12878,对于基因组hg19。