CageWorkFlow

doi：10.18129/b9.bioc.cageworkflow

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅CageWorkFlow。

使用R/Bioconductor分析CAGE数据的分步指南

生物导体版本：3.12

使用R/Bioconductor分析基因表达（CAGE）数据的CAP分析的工作流程。

作者：Malte Thodberg [AUT，CRE]

维护者：Malte Thodberg

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ cageworkflow”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ cageworkflow”）

html	R脚本	CageWorkFlow
文本		消息

细节

生物浏览	注释工作流，，，，geneexpressionworkflow，，，，工作流程
版本	1.6.0
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.6.0），Cagefightr，，，，纳米管
进口
链接
建议	尼特，，，，KableExtra，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，BiocworkFlowTools，，，，pheatmap，，，，ggseqlogo，，，，维里迪斯，，，，马格里特，，，，GGFORCE，，，，ggthemes，，，，平淡无奇，，，，dplyr，，，，基因组机，，，，总结性特征，，，，GenomicFeatures，，，，生物比较，，，，互动集，，，，GVIZ，，，，deseq2，，，，林玛，，，，EDGER，，，，Statmod，，，，偏见，，，，SVA，，，，TFBSTOOLS，，，，MotifMatchr，，，，PathView，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm9，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm9，，，，org.mm.eg.db，，，，Jaspar2016，，，，PNG
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	cageworkflow_1.6.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cageworkflow
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/cageworkflow
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/cageworkflow/
软件包下载报告	下载统计