rnaseqgene

doi：10.18129/b9.bioc.rnaseqgene

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅rnaseqgene。

RNA-Seq工作流程：基因级探索性分析和差异表达

生物导体版本：3.12

在这里，我们使用生物导体包装浏览端到端基因级RNA-Seq差异表达工作流程。我们将从FASTQ文件开始，显示它们如何与参考基因组保持一致，并准备一个计数矩阵，该矩阵为每个样品中每个基因中的RNA-Seq读取/片段数量均为。我们将进行探索性数据分析（EDA）进行质量评估，并探索样品之间的关系，进行差异基因表达分析并在视觉上探索结果。

作者：迈克尔·洛夫[AUT，CRE]

维护者：迈克尔·洛夫（Michael Love）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ rnaseqgene”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ rnaseqgene”）

html

R脚本

基因水平的RNA-seq工作流

细节

生物浏览	geneexpressionworkflow，，，，Immunooncologyworkflow，，，，工作流程
版本	1.14.0
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.3.0），生物使用，，，，呼吸道（> = 1.5.3），tximeta，，，，马格里特，，，，deseq2，，，，apeglm，，，，VSN，，，，dplyr，，，，GGPLOT2，，，，Hexbin，，，，pheatmap，，，，rcolorbrewer，，，，poiclaclu，，，，GLMPCA，，，，ggbeeswarm，，，，GeneFilter，，，，AnnotationDbi，，，，org.hs.eg.db，，，，报告工具，，，，GVIZ，，，，SVA，，，，Ruvseq，，，，裂变
进口
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	https://github.com/mikelove/rnaseqgene/
取决于我
进口我
建议我
链接到我

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	rnaseqgene_1.14.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rnaseqgene
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/rnaseqgene
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/rnaseqgene/
软件包下载报告	下载统计