测序

DOI:10.18129 / B9.bioc.sequencing

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见测序．

序列数据生物导体简介

Bioconductor版本:3.12

Bioconductor使高通量基因组数据的分析和理解成为可能。我们有大量的软件包，允许对大数据进行严格的统计分析，同时牢记技术工件。Bioconductor帮助用户将他们的分析结果放入生物环境中，并提供丰富的可视化机会。重现性是生物导体分析的一个重要目标。例如，使用Bioconductor可以进行不同类型的分析;测序:RNASeq, ChIPSeq，变体，拷贝号等;微阵列:表达、SNP等;领域特异性分析:流式细胞术、蛋白质组学等。对于这些分析，通常需要导入和处理各种与序列相关的文件类型，包括fasta、fastq、BAM、gtf、bed和wig文件等等。Bioconductor软件包支持导入、普通和高级序列操作操作，如修剪、转换和对齐，包括质量评估。

作者:Sonali Arora [aut]， Martin Morgan [aut]， Bioconductor Package Maintainer [cre]

维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("sequencing")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(测序)

超文本标记语言

R脚本

序列数据生物导体简介

细节

biocViews	BasicWorkflow，ImmunoOncologyWorkflow，工作流
版本	1.14.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.0),GenomicRanges，GenomicAlignments，Biostrings，Rsamtools，ShortRead，BiocParallel，rtracklayer，VariantAnnotation，AnnotationHub，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14
进口
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/help/workflows/sequencing/
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	sequencing_1.14.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sequencing
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/测序
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/sequencing/
包下载报告	下载数据