TSRchitect

DOI:10.18129 / B9.bioc.TSRchitect

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅TSRchitect。

启动子识别从大规模TSS分析数据

Bioconductor版本:3.13

近年来,大规模转录序列数据已经产生了相当大的见解在真核生物基因表达和调控的本质。技术,确定5 '末端mrna,尤其是笼,绘制了启动子景观的生物模型。由于TSS分布的可变性和转录噪声出现在数据集,精确识别基因的活性启动子(s)从这些数据集是不简单的。TSRchitect允许用户有效地识别假定的启动子(转录启动区域,或TSR)来自各种TSS分析的数据类型,包括单头(例如笼)以及paired-end(横冲直撞,泥炭,STRIPE-seq)。此外,与1.3.0版本版本(新)TSRchitect能够导入EST和互补dna数据保持一致。随着量的确定临时避难所,TSRchitect也计算宽度,丰度和形状指数的两种形式,处理生物复制表达分析。最后,TSRchitect进口注释文件,允许用户将确定启动子与基因与其他基因的功能。三个详细的例子TSRchitect的效用提供了用户指南,包含在这个包中。

作者:r·泰勒Raborn (cre, aut cph] Volker p Brendel (aut (cph)克里斯那曾经(施)

维护人员:r·泰勒Raborn < rtraborn indiana.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TSRchitect”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“TSRchitect”)

PDF		TSRchitect用户指南
HTML		TSRchitect用户指南
HTML	R脚本	TSRchitect装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,FunctionalGenomics,GeneExpression,GeneRegulation,GenomeAnnotation,测序,软件,转录
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5)
进口	AnnotationHub,BiocGenerics,BiocParallel,dplyr,GenomicAlignments,GenomeInfoDb,GenomicRanges,gtools,IRanges、方法、readxl,Rsamtools(> = 1.14.3),rtracklayer,S4Vectors,SummarizedExperiment、工具、跑龙套
链接
建议	ENCODExplorer,ggplot2,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/brendelgroup/tsrchitect
BugReports	https://github.com/brendelgroup/tsrchitect/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	TSRchitect_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	TSRchitect_1.18.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	TSRchitect_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TSRchitect
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TSRchitect
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TSRchitect/
包下载报告	下载数据