APAlyzer

DOI:10.18129 / B9.bioc.APAlyzer

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅APAlyzer。

APA的工具包使用RNA-seq数据分析

Bioconductor版本:3.13

执行3 'utr APA, Intronic APA使用RNA-seq数据和基因表达分析。

作者:王Ruijia (cre, aut)钟,本田(aut) Chuwei (aut)

维护人员:王Ruijia < rjwang。在gmail.com bioinfo >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“APAlyzer”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“APAlyzer”)

HTML	R脚本	APAlyzer:工具箱RNA-seq APA分析
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释,DataImport,DifferentialExpression,GeneExpression,GeneRegulation,RNASeq,测序,软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	GenomicRanges,GenomicFeatures,GenomicAlignments,DESeq2,ggrepel,SummarizedExperiment,Rsubread统计数据,ggplot2、方法、rtracklayer,ensembldb,VariantAnnotation,dplyr,tidyr,repmis,Rsamtools
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,org.Mm.eg.db,AnnotationDbi,TBX20BamSubset,testthat,pasillaBamSubset
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/RJWANGbioinfo/APAlyzer/
BugReports	https://github.com/RJWANGbioinfo/APAlyzer/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	APAlyzer_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	APAlyzer_1.6.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	APAlyzer_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/APAlyzer
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ APAlyzer
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/APAlyzer/
包下载报告	下载数据