ChIPQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPQC

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ChIPQC。

ChIPseq数据质量指标

Bioconductor版本:3.13

ChIPseq数据质量指标。

作者:汤姆·卡罗尔魏Liu Ines de圣地亚哥,罗里明显

维护人员:汤姆卡罗尔< tc.infomatics gmail.com >,罗里鲜明的<罗里。斯塔克在cruk.cam.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ChIPQC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ChIPQC”)

PDF	R脚本	评估与ChIPQC ChIP-seq样品质量
PDF		ChIPQCSampleReport.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,质量控制,ReportWriting,测序,软件
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(7.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.0.0),ggplot2,DiffBind,GenomicRanges(> = 1.17.19)
进口	BiocGenerics(> = 0.11.3),S4Vectors(> = 0.1.0),IRanges(> = 1.99.17),Rsamtools(> = 1.17.28),GenomicAlignments(> = 1.1.16),chipseq(> = 1.12.0),gtools,BiocParallel、方法、reshape2,Nozzle.R1,Biobase,统计grDevices跑龙套,GenomicFeatures,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene,TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene
链接
建议	BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	ChIPQC_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	ChIPQC_1.28.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	ChIPQC_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPQC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChIPQC
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ChIPQC/
包下载报告	下载数据