此包适用于Bioconductor的3.13版本;有关稳定的最新发布版本,请参见CountClust.
Bioconductor版本:3.13
将隶属度模型(GoM,也称为混合模型)与聚类RNA-seq基因表达计数数据进行拟合,识别驱动聚类隶属度的特征基因,并提供对聚类隶属度的可视化总结。
作者:Kushal Dey [aut, cre], Joyce Hsiao [aut], Matthew Stephens [aut]
维护者:Kushal Dey
引用(从R中,输入引用(“CountClust”)
):
要安装此包,启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:
browseVignettes(“CountClust”)
超文本标记语言 | R脚本 | 装饰图案的标题 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 聚类,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,StatisticalMethod,可视化 |
版本 | 1.20.0 |
在Bioconductor公司 | BioC 3.3 (R-3.3)(5.5年) |
许可证 | GPL (>= 2) |
取决于 | R (>= 3.4),ggplot2(> = 2.1.0的) |
进口 | SQUAREM,大满贯,maptpx,plyr(> = 1.7.1上),cowplot,gtools,flexmix,激情似火,limma平行,reshape2,统计,utils,图形,grDevices |
链接 | |
建议 | knitr,kableExtra,BiocStyle,Biobase,roxygen2,RColorBrewer,devtools,xtable |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/kkdey/CountClust |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
给我的链接 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。
源包 | CountClust_1.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | CountClust_1.20.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | CountClust_1.20.0.tgz |
源库 | git clone https://git.bioconductor.org/packages/CountClust |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CountClust |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/CountClust/ |
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