CountClust

DOI:10.18129 / B9.bioc.CountClust

此包适用于Bioconductor的3.13版本;有关稳定的最新发布版本,请参见CountClust

利用隶属度模型聚类和可视化RNA-Seq表达数据

Bioconductor版本:3.13

将隶属度模型(GoM,也称为混合模型)与聚类RNA-seq基因表达计数数据进行拟合,识别驱动聚类隶属度的特征基因,并提供对聚类隶属度的可视化总结。

作者:Kushal Dey [aut, cre], Joyce Hsiao [aut], Matthew Stephens [aut]

维护者:Kushal Dey

引用(从R中,输入引用(“CountClust”)):

安装

要安装此包,启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“CountClust”)

超文本标记语言 R脚本 装饰图案的标题
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 聚类GeneExpressionImmunoOncologyRNASeq测序软件StatisticalMethod可视化
版本 1.20.0
在Bioconductor公司 BioC 3.3 (R-3.3)(5.5年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R (>= 3.4),ggplot2(> = 2.1.0的)
进口 SQUAREM大满贯maptpxplyr(> = 1.7.1上),cowplotgtoolsflexmix激情似火limma平行,reshape2,统计,utils,图形,grDevices
链接
建议 knitrkableExtraBiocStyleBiobaseroxygen2RColorBrewerdevtoolsxtable
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/kkdey/CountClust
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包 CountClust_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 CountClust_1.20.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) CountClust_1.20.0.tgz
源库 git clone https://git.bioconductor.org/packages/CountClust
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CountClust
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/CountClust/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下地点之一: